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标题: 建立锌（002）电极界面的建模和周期性问题 [打印本页]

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Author: Dreamer1 时间: 2024-12-30 19:51
标题: 建立锌（002）电极界面的建模和周期性问题
老师好，我现在想做一个关于电解液和锌电极（002晶面）界面的模拟，目的是去距离电极表面1nm范围内的电解液各组分的分布以确定亥姆霍兹层的组成。问题（1）Zn（002）电极该用什么软件建模并且还要保证它在xy方向的周期性，怎么建模比较容易上手，之前只建过石墨烯片层的，没有建过这种晶面的；问题（2）我是该建立两个电极然后把电解液放中间，还是就建立一侧的电极把电解液放在电极上面呢？问题3：如果只建一个电极，那么插入的电解液分子应该在电极上面多大范围内合适呢？距离电极太远是不是就几乎是体相区了，不受电极的影响了？

以下是参考的一篇文献的相关内容：
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Author: sobereva 时间: 2024-12-31 00:59
1 用Multiwfn载入单胞的cif文件，参考下文扩胞到足够大小，然后到主功能100的子功能2里选择导出gro文件
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

用GaussView、VESTA等程序扩胞也可以

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Author: solar12138 时间: 2025-8-28 13:59
同学打扰您想请教一下，电极板固定住了的这种情况，是不是不能跑npt了，我跑了nvt之后，体系能量大的离谱，压力也很大。跑npt直接炸了

作者
Author: 方方方 时间: 2025-8-28 20:42

solar12138 发表于 2025-8-28 13:59
同学打扰您想请教一下，电极板固定住了的这种情况，是不是不能跑npt了，我跑了nvt之后，体系能量大的离谱， ...

freeze下肯定是不能跑NPT；如果是体系压力过大导致不平衡的问题，可以把结构建的稀疏一些，然后再用小一点的tau_p压回来

作者
Author: solar12138 时间: 2025-9-13 14:32

方方方发表于 2025-8-28 20:42
freeze下肯定是不能跑NPT；如果是体系压力过大导致不平衡的问题，可以把结构建的稀疏一些，然后再用小一 ...

十分感谢！

作者
Author: zhubaonian 时间: 2025-9-20 10:18
您好，请问您模型中锌002是用什么力场描述的，能把这篇文献也顺便贴一下吗

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