计算化学公社

标题: 求助：使用学校计算平台跑动力学模拟什么情况会终止 [打印本页]

作者
Author: x^x 时间: 2024-12-30 22:00
标题: 求助：使用学校计算平台跑动力学模拟什么情况会终止
本帖最后由 x^x 于 2024-12-30 22:09 编辑

   各位老师好。我在学校高性能计算平台gromacs2020.3中提交了一个平衡相的动力学模拟，总共设置1ns，步长为0.001。具体模型为固体层-液体层-固体层，两个固体层原子总数为3024，液体层原子总数为12336。平衡相热浴使用的v-rescale，压浴使用的Berendsen。目前在平台上使用1个节点，48个核，已经跑了三天了还未出结果。
   计算平台只能提交计算任务，不能看到具体的模拟进程，无法得知所建模型是否有问题。之前在我自己的虚拟机里跑动力学模拟时，如果体系有问题，任务便会报错终止，所以想请教各位老师，用计算平台的gromacs跑动力学模拟，模型有问题的话，是否也会报错终止呢？如果在模拟过程中没出现问题，是否是跑完设定的总长度后终止呢？会存在报错但是任务却一直在跑的情况吗？

   敬请各位老师不吝指教，感谢。

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-30 23:35
模拟中一般都可以查看log文件看跑到哪

作者
Author: x^x 时间: 2025-1-1 21:30
本帖最后由 x^x 于 2025-1-1 22:03 编辑

student0618 发表于 2024-12-30 23:35
模拟中一般都可以查看log文件看跑到哪

感谢您的回复，祝您元旦快乐！
在计算平台上，我提交任务用的脚本文件参考自平台上给出的示例，当脚本文件中带有“srun --partition=cpuQ -N 1 -n 48”时，输出的文件信息如图1，当我把这行删掉后，便可以按照我设置的mdp文件输出信息了，但目前我还没搞明白这是为什么。

作者
Author: chenym 时间: 2025-1-2 10:56

x^x 发表于 2025-1-1 21:30
感谢您的回复，祝您元旦快乐！
在计算平台上，我提交任务用的脚本文件参考自平台上给出的示例，当脚本文 ...

这个是服务器的计算设置脚本，这一行是你所使用的节点设置，每个服务器的总节点数不一样，然后N和n设置不同会影响并行任务的数量，从而影响计算速度，你可以查一下节点设置来提高计算速度，我的计算出现错误就会停止，模拟完设置步长也会停止，报错会出现在输出的log文件中，也可以用取消计算命令来停止。

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