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标题: 两种分子在水中混合模拟分子轨迹结果不符合预期 [打印本页]

作者
Author: Jisbudber 时间: 2024-12-31 17:07
标题: 两种分子在水中混合模拟分子轨迹结果不符合预期
各位老师好！我目前在做农药分子和助剂在水中的混合模拟。整个模拟过程参考的是培训班中的“常温常压下模拟乙醇＋水盒子”，mdp文件分别是em、eq、prod三个，我现在pubchem上下的农药分子和醋酸分子的sdf，再用gv转成pdb，mol2.用sobtop生成GAFF力场文件，再替换成自己算的resp电荷。用packmol构建好初始结构就开始跑了。预期结果是几个农药分子会分散开来，但跑出来还是跟初始一样聚集在一起。不知道问题出在哪，请问各位老师们该从哪方面去解决或者检查。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-31 21:48
看不清楚农药分子结构
中性水环境下羧基主要存在形态应当是去质子化的

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Author: Jisbudber 时间: 2025-1-2 10:59
这是农药分子结构

作者
Author: Jisbudber 时间: 2025-1-2 11:04

sobereva 发表于 2024-12-31 21:48
看不清楚农药分子结构
中性水环境下羧基主要存在形态应当是去质子化的

农药分子结构发楼下了，还有一个问题要请教一下sob老师，刚刚在看帖子的时候看到力场选择的合理性，我们做的农药分子都是有机小分子，助剂也是小分子，我选择的是GAFF力场，这个要怎么去证明其合理性呢

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Author: sobereva 时间: 2025-1-3 00:42

Jisbudber 发表于 2025-1-2 11:04
农药分子结构发楼下了，还有一个问题要请教一下sob老师，刚刚在看帖子的时候看到力场选择的合理性，我们 ...

GAFF表现普通有机分子没有明显问题，其普适性早就经过无数研究的检验，根本不需要证明什么。倘若说GAFF不合适，那才是需要证明的

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