计算化学公社

标题: 求助为什么RDF没有收敛为1，而且波动很大 [打印本页]

作者
Author: lyan66 时间: 2024-12-31 17:31
标题: 求助为什么RDF没有收敛为1，而且波动很大
请问一下为什么没有RDF收敛为1呢，而且波动很大，是因为团簇结构吗，还是因为命令输入错误，因为30ns后系统就稳定了，所以我选择了最后5ns。 (, 下载次数 Times of downloads: 0) gmx rdf -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o rdf_output.xvg -n index.ndx -ref A所有分子 -sel C所有分子 -bin 0.01-b 45000 -e 50000 -surf mol

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-31 21:24
认真看此文，补充必要信息，连算的是什么东西都不具体交代的提问毫无意义
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-4 15:53
本帖最后由 lyan66 于 2025-1-7 10:00 编辑

社长，您好。我计算的是聚合物对苯系物的吸附。是溶液体系。其中一个体系如同，黄色是聚合物，紫色是苯系物，两种分子分布有20个，我想计算聚合物对苯系物的径向分布函数，不知道为什么未收敛于1，还希望社长能解惑，谢谢。

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