计算化学公社

标题: 求助二氧化碳和水体系中二氧化碳在体相中密度分布不均匀的问题 [打印本页]

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Author: xliu97 时间: 2024-12-31 18:55
标题: 求助二氧化碳和水体系中二氧化碳在体相中密度分布不均匀的问题
本帖最后由 xliu97 于 2025-1-4 05:36 编辑

使用NPzT系综进行模拟，体系中水的力场为tip3p,二氧化碳力场为五原子EPM2，水分子个数为8086个，气体分子个数为8000个，温度压力cutoff等信息补充在了附件中。盒子里面分布为气-水-气结构, 想要得出水和二氧化碳的质量密度沿z轴分布的图。模拟总时长为15ns,用8ns来进行体系平衡，计算密度统计时间为8ns-15ns。
但是在两个气相区域，二氧化碳的密度曲线不是近似相等的一条水平直线，而是弯曲的，如图。请问是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-31 21:27
不提供模拟细节信息没法判断

总共跑了多久、体系是否已平衡、统计了多少帧、怎么考虑的周期性等一概不提，是毫无意义的提问。仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: xliu97 时间: 2025-1-4 02:29

sobereva 发表于 2024-12-31 21:27
不提供模拟细节信息没法判断

总共跑了多久、体系是否已平衡、统计了多少帧、怎么考虑的周期性等一概不提 ...

抱歉。我已经在原贴进行编辑修改。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-4 03:37
上传压缩后的最终的gro文件

作者
Author: xliu97 时间: 2025-1-6 09:19

sobereva 发表于 2025-1-4 03:37
上传压缩后的最终的gro文件

gro文件已上传。另外我又进行了一次同条件下的模拟计算，只改变了分子比，二氧化碳和水分子个数调整到了4000：8086，得出的密度分布曲线正常了，即在气相区密度为水平直线。由于我是刚入门进行分子模拟的新手，对于这种现象实在无法解释，还请老师能够指点迷津。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 02:56

xliu97 发表于 2025-1-6 09:19
gro文件已上传。另外我又进行了一次同条件下的模拟计算，只改变了分子比，二氧化碳和水分子个数调整到了4 ...

最大的可能也就是之前平衡得还不够充分，从gro上能明显看到一边密一边稀疏
另外，用vdwtype = PME完全没必要，明显增加耗时。用简单截断足矣

作者
Author: xliu97 时间: 2025-1-7 04:06

sobereva 发表于 2025-1-7 02:56
最大的可能也就是之前平衡得还不够充分，从gro上能明显看到一边密一边稀疏
另外，用vdwtype = PM ...

谢谢老师

作者
Author: xliu97 时间: 2025-1-13 13:17

sobereva 发表于 2025-1-7 02:56
最大的可能也就是之前平衡得还不够充分，从gro上能明显看到一边密一边稀疏
另外，用vdwtype = PM ...

老师您好，我将模拟时间增加到120ns,结果二氧化碳的密度分布还是出现了一开始的问题。我怀疑自己的5 site EPM2模型出现了问题，于是将CO2力场改为3 site,结果依然是气相区域的密度分布很怪。我截取最后一帧可以看到即使模拟时长120ns二氧化碳分布依然不是很均匀。请问这种情况是应该修改mdp文件里面的参数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-14 00:39

xliu97 发表于 2025-1-13 13:17
老师您好，我将模拟时间增加到120ns,结果二氧化碳的密度分布还是出现了一开始的问题。我怀疑自己的5 site ...

尝试其它CO2模型或者温度
可能当前力场和温度下会导致CO2有一定凝结，故无法得到完全均匀分布的高压气体状态

作者
Author: 龙之吐息 时间: 2025-1-17 12:54

xliu97 发表于 2025-1-13 13:17
老师您好，我将模拟时间增加到120ns,结果二氧化碳的密度分布还是出现了一开始的问题。我怀疑自己的5 site ...

我之前使用EPM2模型+SPC/e水模型密度正常，反而是使用trappe_small模型（+OPC3水模型）会出现社长说的类似凝结现象，而且似乎不是模拟时长的问题。80℃，20MPa条件。

作者
Author: xliu97 时间: 2025-1-30 16:34

sobereva 发表于 2025-1-14 00:39
尝试其它CO2模型或者温度
可能当前力场和温度下会导致CO2有一定凝结，故无法得到完全均匀分布的高压气体 ...

感谢老师。换用CO2_zhu力场之后就正常了。另外我在测试的时候发现一个问题，我增加了盒子XY 方向的长度，没有改变分子数量和分子力场的情况下，密度分布也正常了，请问这是什么原因？

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