计算化学公社

标题: 新手需要请教高斯找过渡态结构 [打印本页]

作者
Author: fxl444651337 时间: 2024-12-31 20:21
标题: 新手需要请教高斯找过渡态结构
(, 下载次数 Times of downloads: 1) 需要请教一下这个题目的过渡态结构用TS方法怎么搭建。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-31 21:28
先优化反应物，拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

实际跑了一下，结果：

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 09:22

sobereva 发表于 2024-12-31 21:28
先优化反应物，拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt= ...

谢谢，请问您用的机组方法是什么，能不能给一下gjf和out文件？

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 10:55
我按照您说的把要断的碳碳键拉长了三分之一，跑完报错了，请问是什么原因啊？我用的机组方法是# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-1 12:00

fxl444651337 发表于 2025-1-1 10:55
我按照您说的把要断的碳碳键拉长了三分之一，跑完报错了，请问是什么原因啊？我用的机组方法是# opt=(calcf ...

注意用词哦，是“基组”不是“机组”，参考社长博文的第9条。
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

截图只展示末尾l9999报错并不能看出具体问题，应该把从优化反应物开始的相关输入输出文件适当压缩，上传为帖子附件方便检查。也可参考http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html的方法解决。

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 13:01
已经上传了我的gjf和out文件，麻烦帮我看一下，谢谢

作者
Author: xsc6 时间: 2025-1-1 13:35

fxl444651337 发表于 2025-1-1 13:01
已经上传了我的gjf和out文件，麻烦帮我看一下，谢谢

超过步长上限，详细见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html。你这个摆的初始和sob老师感觉还是差了一点，不知道你反应物有没有优化过，你可以先优化，或者做一个柔性扫描能更快速找到更好的初猜过渡态结构

作者
Author: xsc6 时间: 2025-1-1 13:36

fxl444651337 发表于 2025-1-1 13:01
已经上传了我的gjf和out文件，麻烦帮我看一下，谢谢

顺带问一下，这是你们课程课后作业么

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 13:38

xsc6 发表于 2025-1-1 13:36
顺带问一下，这是你们课程课后作业么

是的，谢谢

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 20:07

sobereva 发表于 2024-12-31 21:28
先优化反应物，拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt= ...

请问为什么我优化后，会出现碳氧三键？

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-1 20:08
碳氧三键

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-1 20:36

fxl444651337 发表于 2025-1-1 20:07
请问为什么我优化后，会出现碳氧三键？

下面这图的输入输出文件最好也给一下，感觉初始结构可能摆得不太好，现在都优化成一氧化碳脱落的产物了。找过渡态是容易出现这种现象的。

社长这篇博文对成键的讨论也值得注意一下，特别是第1节末尾。
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

另外，发帖以后在其他网友看到前，可以点左下角“编辑”按钮修改帖子内容哦。

作者
Author: xsc6 时间: 2025-1-2 02:00

fxl444651337 发表于 2025-1-1 20:08
碳氧三键

初始结构不好，建议做扫描寻找初始点：http://sobereva.com/474，此外，你们上课老师没讲就让你们自学么

作者
Author: fxl444651337 时间: 2025-1-2 09:28
本帖最后由 fxl444651337 于 2025-1-27 18:51 编辑

xsc6 发表于 2025-1-2 02:00
初始结构不好，建议做扫描寻找初始点：http://sobereva.com/474，此外，你们上课老师没讲就让你们自学么

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-2 14:06
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-1-2 14:15 编辑

我也跑了下，G16里opt=(calcfc,ts,noeigen)找到的过渡态及IRC(calcfc,stepsize=5,recalc=5,maxpoints=40)的结果是这样的：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

（编辑：请无视文件名那两串英文，命名搞错了，不过这不是关键）

此处原子序号和羰基的方向跟二楼社长结果里的有点不一样，虚频差了一个波数，不过IRC确实能联通脱羰基的产物（左）和反应物（右）且过渡态确实是能量最高点。

按有机化学常识，反应物羰基自由基的碳应该更接近sp2杂化而非氰基那样的sp杂化，C-C-O键角在120度附近而不是直线的180度；实际优化出来的无虚频反应物结构也确实如此。一开始GaussView建模时就可以参考这点，摆得好的话没必要花时间柔性扫描。

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