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标题: gromacs重跑问题，得到的结果有一帧完全偏离，如何重跑偏离部分 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2025-1-1 16:39
标题: gromacs重跑问题，得到的结果有一帧完全偏离，如何重跑偏离部分
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在50ns的蛋白和配体模拟中，整体的RMSD保持平稳，中间有一帧偏离整体的RMSD值，如何进行重跑后面的20ns

作者
Author: student0618 时间: 2025-1-1 16:45
确定不是周期性边界问题？有没有先用trjconv处理好？

作者
Author: lxhpdx 时间: 2025-1-1 19:57
gromacs的rms命令不是会自动处理周期性边界问题嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-1 20:53
仔细把下文的RMSD部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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