计算化学公社

标题: 求助4-碘苯酚和4,4-偶氮吡啶的复合物的CIF文件中的分子比例问题 [打印本页]

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 16:59
标题: 求助4-碘苯酚和4,4-偶氮吡啶的复合物的CIF文件中的分子比例问题
(, 下载次数 Times of downloads: 12) (, 下载次数 Times of downloads: 9) 写的比例是1:2，但是下边的图却是1:1，这是什么原因呀。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-2 17:12
标题“CIF文件”过于简略而未体现求助内容，帖子正文也没讲清楚是什么物质的CIF、从何处下载、用什么软件看到的图和信息、“比例”指代什么、预期和结果如何。按照下述社长博文修改标题、说明信息、上传文件，不然谁也没法回答。

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 17:19

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-2 17:12
标题“CIF文件”过于简略而未体现求助内容，帖子正文也没讲清楚是什么物质的CIF、从何处下载、用什么软件看 ...

好的，感谢，文中的cif文件是从ccdc中导出的pdf，是4-碘苯酚和4,4-偶氮吡啶的复合物，cif下边的图，复合物的比例却是1:1，但是pdf下边的计算结果显示的是此复合物的比例是1:2。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-1-2 17:26
看半天才看明白这个问题，下载个cif文件用晶体学（可视化）软件看一下最小重复单元的比例就知道了，一般不会以第一个图为标准，那个图可以给的比较随意

diamond mercury 等等都是可以的

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 17:31

lemon_electron 发表于 2025-1-2 17:26
看半天才看明白这个问题，下载个cif文件用晶体学（可视化）软件看一下最小重复单元的比例就知道了，一般不 ...

就是导入mercury，看到的就是图一这样，但是分子堆积之后可以看到最小重复单元的比例是1:2，所以这个cif文件是没问题的吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-2 17:34

0.01 发表于 2025-1-2 17:19
好的，感谢，文中的cif文件是从ccdc中导出的pdf，是4-碘苯酚和4,4-偶氮吡啶的复合物，cif下边的图，复合 ...

单凭这描述并不好从CCDC找到具体晶体结构，就不能干脆贴出网址，或者至少也写个数据库编号或者文献出处吗？别把链接的社长博文不当回事。

再说了，纠结自动计算的分子比例没多大意义，计算建模是用的cif的具体结构又不是pdf这种总结性的数值。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-1-2 17:35
本帖最后由 lemon_electron 于 2025-1-2 17:37 编辑

0.01 发表于 2025-1-2 17:31
就是导入mercury，看到的就是图一这样，但是分子堆积之后可以看到最小重复单元的比例是1:2，所以这个cif ...

没问题，不放心可以点击 Display - More information - Structure information 看看原子比例对不对
而且对计算来说这也没啥影响，要的是坐标

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 17:41

lemon_electron 发表于 2025-1-2 17:35
没问题，不放心可以点击 Display - More information - Structure information 看看原子比例对不对
而且 ...

好的，谢谢。那请问如果直接用这个cif文件做后续的指纹图谱等的模拟，需要把它改成三个分子的，呈现出1:2比例的，还是直接用该cif文件即可?

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-1-2 17:43

0.01 发表于 2025-1-2 17:41
好的，谢谢。那请问如果直接用这个cif文件做后续的指纹图谱等的模拟，需要把它改成三个分子的，呈现出1:2 ...

什么图谱呢，如果你把它当成固体来算，并且保持这样的晶体状态的话，你得考虑背景电荷的影响，去看看sob老师的贴子和博文吧

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 18:25

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-2 17:34
单凭这描述并不好从CCDC找到具体晶体结构，就不能干脆贴出网址，或者至少也写个数据库编号或者文献出处吗 ...

不好意思，我一定表述清楚该复合物的ccdc号是1494658，文献来源是https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2016.10.038。

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 18:37
我现在想知道我后续的计算模拟，直接用这个cif文件结构优化就可以吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-2 18:51

0.01 发表于 2025-1-2 18:25
不好意思，我一定表述清楚该复合物的ccdc号是1494658，文献来源是https://doi.org/10.1016/j.molstruc.20 ...

用VESTA或者GaussView都可以看到此晶胞里面有两个4,4-偶氮吡啶和四个4-碘苯酚，比例显然是1:2。（Avogadro也能加载.cif文件但显示并不完整，至于CCDC Mercury暂时先不用。）

做指纹图谱如果是指类似下面社长博文介绍的分析的话，抠团簇倒是确实该考虑分子比例正确。
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-2 19:17

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-2 18:51
用VESTA或者GaussView都可以看到此晶胞里面有两个4,4-偶氮吡啶和四个4-碘苯酚，比例显然是1:2。（Avogadr ...

是Hirshfeld surface，但是我只想分析这两个分子之间的相互作用。也应该按照比例吗？还有能量框架，Gaussian 进行结构优化都需要开始导入cif文件，我需要对cif文件进行修改吗？改成1:2比例？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-2 23:55
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “CIF文件” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: 0.01 时间: 2025-1-3 08:50

sobereva 发表于 2025-1-2 23:55
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的

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