计算化学公社

标题: 如何在膜体系中加水合氢离子或者是溶剂化质子作为膜环境 [打印本页]

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-2 17:23
标题: 如何在膜体系中加水合氢离子或者是溶剂化质子作为膜环境
本帖最后由 NEW12138 于 2025-1-6 09:36 编辑

想模拟不同pH的膜环境，看帖子说不能直接加氢离子，可以尝试加水合氢离子。我在ATB分子库中下载了水合氢离子的itp文件，用的gromos54a7_atb.ff力场，把水合氢离子的itp文件放到了gromos54a7_atb.ff力场文件夹里，在top文件里加上了对应的内容.
top：
; The force-field files to be included
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"

; include position restraint file
；# ifdef POSRES
；# include "POSRE_mol.itp"
；#endif

; Include forcefield parameters
#include "toppar/POPG.itp"
#include "toppar/POPE.itp"
#include "toppar/TIP3.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/ions.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/G54A7_H3O.itp"

[ system ]
; Name
Title

[ molecules ]
; Compound       #mols
POPG                   44
POPE                176
TIP3       32541
NA             44

之后输入命令： gmx genion -s ions_neutral.tpr -o ions_acidic_1.gro -p topol_acidic_1.top -pname H3O+ -np 8 -pq 1 -nname CL -nn 8 -nq 1
就一直报错Memory allocation failed: std, bad_alloc
free -h查询显示空余很大，gromos54a7_atb.ff文件夹就在工作目录，所以不知道问题出在哪了，也想请教一下各位老师是否有其他加水合氢离子的建议，感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)