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标题: 使用charmm-gui生成配体分子的拓扑文件报错 [打印本页]

作者
Author: zyj927 时间: 2025-1-2 21:35
标题: 使用charmm-gui生成配体分子的拓扑文件报错
各位老师好，我现在想生成一个配体分子的拓扑文件，这个配体中包含Se原子（在一个五元环上），我在使用charmm-gui去生成拓扑文件时，报错：aromatic bond on Se not supported; skipped molecule，请问现在有什么办法解决这个问题吗？我不想改变配体的结构，且不能删掉Se原子，需要使用的力场为charmm36。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-3 21:28
没有办法
用sobtop产生GAFF结合UFF（后者提供Se的LJ参数）的拓扑文件就完了。没有什么理由非用CHARMM系力场不可

作者
Author: zyj927 时间: 2025-1-4 11:50
收到，谢谢老师

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