计算化学公社

标题: 求助LAMMPS REAXFF模拟如何固定金属氧化物的少数几层原子？ [打印本页]

作者
Author: 白头昭华 时间: 2025-1-4 11:07
标题: 求助LAMMPS REAXFF模拟如何固定金属氧化物的少数几层原子？
求助各位大佬，我在进行reaxff模拟计算有机物在金属氧化物层间的吸附时，刚开始不固定金属氧化物层，上下的金属氧化物层会一直移动。这是什么原因呢？系综是nvt。
但是全部固定的话，吸附效果好像又会变差。
请问这种情况需要只固定远离吸附端的金属氧化物层原子吗？group已经包含了所有的金属氧化物层，怎么再创建新的group固定呢？

(, 下载次数 Times of downloads: 10)
此图是不固定金属氧化物层。

(, 下载次数 Times of downloads: 8)
此图是固定金属氧化物层。

作者
Author: zzvion 时间: 2025-3-7 20:37
请问一下reaxff力场是怎么添加的呀，如果是吸附别的立场可以吗

作者
Author: baoluyao 时间: 2025-3-8 00:20
在LAMMPS中固定某部分原子只需要不对这部分原子施加任何积分命令，如fix nvt等，就行了。LAMMPS中允许多种方式定义group，根据你的情况可以根据区域进行group的定义。只需要用region命令定义你想固定部分原子的区域，然后用group命令调用该区域命令定义group即可。举例
region downfix block INF INF INF INF INF 3.0 units box
group downfix region downfix
#假设你的固体的group id是solid，那么剩下部分的固体这样定义
group solid_move subtract solid downfix
然后直接
fix 1 solid_move nvt temp 300 300 10
这样就只有solid_move的原子会动了

作者
Author: baoluyao 时间: 2025-3-8 00:21

zzvion 发表于 2025-3-7 20:37
请问一下reaxff力场是怎么添加的呀，如果是吸附别的立场可以吗

ReaxFF添加力场是通过pair_coeff命令读取力场文件进行的，至于力场是否符合你的体系，需要验证

作者
Author: zzvion 时间: 2025-3-8 22:41

baoluyao 发表于 2025-3-8 00:21
ReaxFF添加力场是通过pair_coeff命令读取力场文件进行的，至于力场是否符合你的体系，需要验证

感谢感谢，上边固定原子也学到了，我也遇到了这个问题，但是还有说NVT不能和setforce一起用是真的是吗，贴吧上看到的：fix npt /nvt包含的group不能用fix setforce来保持速度不变，因为虽然setforce可以把力置为0，但是这两个命令速度的更新还有个标度因子，速度仍然在变化。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)