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标题: 求助退火初始温度不是设定值 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-4 15:02
标题: 求助退火初始温度不是设定值
这是我的annealing.mdp文件
; Run Control Parameters
integrator = md
nsteps = 5000 ; 5000 步
dt = 0.002 ; 步长为 2 fs

; Temperature Coupling
tcoupl = V-rescale ; 使用 V-rescale 温控方法
tc-grps = System ; 定义一个温控组
tau-t = 0.1 ; 温控时间常数
ref-t = 298 ; 起始参考温度

; Annealing Parameters
annealing = single ; 单次退火序列
annealing-npoints = 3
annealing-time = 0 3 6 ; 时间点（单位 ps）
annealing-temp = 298 333 298 ; 对应时间点的温度（单位 K）

; Continuation Parameters
continuation = yes ; 用于单点能量计算

; Output Control
nstxout = 500
nstvout = 500
nstenergy = 500
nstlog = 500
constraints=h-bonds
coulombtype=PME

但是温度曲线是这样，初始温度不是在298K是怎么回事
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-1-4 17:29
用gen_vel生成对应温度下的初速度

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 02:22
你的注释完全不对
ref-t根本不是什么“起始参考温度”。用了退火设定时ref-t没有任何用处
退火设置设的是参考温度怎么变化，显然不可能实际温度正好和参考温度精确一致。要搞清楚热浴的原理

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