计算化学公社

标题: 什么软件可以把开链建模成单螺旋的结构？ [打印本页]

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-1-4 15:04
标题: 什么软件可以把开链建模成单螺旋的结构？
MS或者gaussian可以吗？最好是能一键扭曲成螺旋结构的，求各位大神帮帮忙。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-4 21:11
这取决于你研究的是什么链，如果是肽链或核酸，工具很多；其他聚合物不好说

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 02:20
提问的时候始终自觉把体系描述得尽可能清楚、不要有任何歧义

假定你说的是核酸，看下文
几种基于核酸序列构建三维结构的工具
http://sobereva.com/692（http://bbs.keinsci.com/thread-42139-1-1.html）

Gaussian又不是建模程序，怎么可能想到Gaussian

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-6-13 17:06
各位老师，我导儿想让我看看一些开链醚或者一些聚合物醚链与金属离子是否会形成一个螺旋的结构，从而形成离子通道，金属离子恰好通过？有什么量子化学或者分子模拟的手段可以证明吗，是否有类似的文献说明这个想法是否到底可行，请各位老师帮帮忙。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-15 08:59

被科研狠狠摩擦发表于 2025-6-13 17:06
各位老师，我导儿想让我看看一些开链醚或者一些聚合物醚链与金属离子是否会形成一个螺旋的结构，从而形成离 ...

如果金属离子是碱金属、碱土金属等可以用MM描述得比较好的离子，那么可以跑MD。否则研究起来很困难

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2025-6-16 16:25

wzkchem5 发表于 2025-6-15 08:59
如果金属离子是碱金属、碱土金属等可以用MM描述得比较好的离子，那么可以跑MD。否则研究起来很困难

那老师用什么软件有比较好的推荐吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-16 16:36

被科研狠狠摩擦发表于 2025-6-16 16:25
那老师用什么软件有比较好的推荐吗？

可以用gromacs，既快又免费，网上教程还多

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