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标题: 求助使用gromacs做分子动力学模拟，轨迹的后处理分析的编程语言 [打印本页]

作者
Author: niumx 时间: 2025-1-4 15:30
标题: 求助使用gromacs做分子动力学模拟，轨迹的后处理分析的编程语言
各位老师，我目前在使用gromacs做分子动力学模拟，但是在后续分析轨迹的时候发现，只使用gmx自带的子程序进行分析容易受到限制，所以想学习一门编程语言期待能够灵活的处理分子轨迹。
在本站中了解到python是编程小白容易上手的语言，但是处理几个G的轨迹速度会比较慢，而学习C语言又感觉时间不太充足，vmd的tcl语言我也了解过。
我目前的想法是，学习python+vmd（tcl），在遇到gmx无法分析的时候，参照卢老师的讲义修改tcl脚本，同时学习python拓宽视野（python可调用的包丰富）。
不知道我这个想法可不可行，各位老师有没有其他更好的学习方案呢？我学语言的目的主要是用来分析轨迹~谢谢~

作者
Author: student0618 时间: 2025-1-4 16:24
本帖最后由 student0618 于 2025-1-4 16:26 编辑

个人学习经验是先找个课题试试现有的工具、脚本是否已经足够解答问题
试着发现不够、有具体需要时再找其他工具

作者
Author: niumx 时间: 2025-1-4 20:57
谢谢您的建议，目前已经在做课题了，就是在遇到想分析的问题时有一些问题容易找不到特别合适的gmx子程序或者分析的操作繁琐冗杂。发现MDAnalysis和MDtraj等都是python库，而且自写脚本也容易使分析更加灵活，所以想试着学习一下python。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 02:04
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “分析gmx轨迹的方法” 改了，以后务必注意！

我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）培训里讲的VMD tcl编程分析轨迹已经是最容易上手的了，没有之一，而且也极尽灵活。此外，VMD tcl分析脚本的结果和VMD的图像显示能直接对应、分析结果能直接在VMD里用绘图命令直接作图，都是其它分析方式无可比拟的优点。仅当必须追求更高分析效率时才需要再考虑别的，包括用你说的额外的轨迹分析库。

作者
Author: niumx 时间: 2025-1-5 10:34

sobereva 发表于 2025-1-5 02:04
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

不好意思sob老师，谢谢您的提醒，下次注意。

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