计算化学公社

标题: 新手求助关于rdf的index的设置 [打印本页]

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-1-5 16:26
标题: 新手求助关于rdf的index的设置
各位老师下午好，最近在学习gromacs，我想询问一下rdf中的供受体间的index是怎么设置的，下面是我看别人做的，但是始终没看懂是怎么选择考察计算组的，望各位老师能给予指导，万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 21:33
rdf没有受体供体的概念，那叫参考组、被计算组
图题明确说了，算的是质心之间的

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里质心间rdf的计算例子：
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

结合恰当的选择语句，可以计算相应区域的质心间的rdf

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-1-6 14:01

sobereva 发表于 2025-1-5 21:33
rdf没有受体供体的概念，那叫参考组、被计算组
图题明确说了，算的是质心之间的

谢谢老师指导

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-1-6 15:45
sob老师那个resname的定义是gro文件的还是top文件的，我想计算两个不同分子间的质心时，发现我找不到我top文件里的定义名称，这是哪一步有问题吗，望老师能予以解疑，万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 01:14

科研小白0126 发表于 2025-1-6 15:45
sob老师那个resname的定义是gro文件的还是top文件的，我想计算两个不同分子间的质心时，发现我找不到我top ...

从gro里来看，残基名都叫MOL，而你又没上传itp文件，光从top根本不知道[atoms]里的resname叫什么

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-1-7 14:34

sobereva 发表于 2025-1-7 01:14
从gro里来看，残基名都叫MOL，而你又没上传itp文件，光从top根本不知道[atoms]里的resname叫什么

老师我就是从这两个itp文件里的resname部分定义就可以了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 03:21

科研小白0126 发表于 2025-1-7 14:34
老师我就是从这两个itp文件里的resname部分定义就可以了吗

是

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2025-1-8 13:04

sobereva 发表于 2025-1-8 03:21
是

谢谢老师指导

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