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标题: 溶质能量最小化收敛，但solvate水之后，最小化不收敛 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-5 19:08
标题: 溶质能量最小化收敛，但solvate水之后，最小化不收敛
本帖最后由 milk_q 于 2025-1-5 19:14 编辑

直接对整个系统能量最小化一直不收敛，后单独先对加入盒子的溶质能量最小化提示成功收敛
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在溶质收敛的基础上填充水（spc216），出现不收敛
writing lowest energy coordinates.

Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 28 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -1.2333404e+07
Maximum force    =  2.9297609e+05 on atom 16960
Norm of force    =  4.8281622e+02
是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

拓扑文件的检查思想在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说了

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-6 09:03
本帖最后由 milk_q 于 2025-1-6 09:40 编辑

sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

sob老师，搭建盒子之后放入25个分子跑能量最小化是收敛的，是不是拓扑结果没有问题

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-6 09:57

sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

sob老师，我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的，是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 01:08

milk_q 发表于 2025-1-6 09:57
sob老师，我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的，是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

放的少的时候分子间作用、挤压、碰撞效应很弱，即便拓扑文件真有潜在问题，可能也暴露不出来

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