计算化学公社

标题: 画温度云图应选用轨迹文件中哪一帧的坐标？ [打印本页]

作者
Author: mtlin 时间: 2025-1-5 21:02
标题: 画温度云图应选用轨迹文件中哪一帧的坐标？
我已经计算出体系中每个原子在轨迹中的平均温度，从中选取了y>4 and y<4.2的这一平面（y等于某个点是没有原子，所以就当这个小范围的厚度忽略不计），并且以最后gromacs输出的md.gro 的坐标作为画图的位置，画出下面这张图：中间这比较方方正正的做了位置限制
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温度控制时，这达500k左右的为控的高温组，除此之外，全部归位常温组，所以才有了这里的430k左右的黄色以及350左右的绿色，他们是被高温组所影响的，正常。但是呢，我想探究高温组是否已经对附近的水和离子已经有影响了，所以想画一个温度云图直观看出来。我清楚使用这最后一帧的坐标是不合理的，这没有体现出高温组附近的水和离子每时每刻都是变化的，也体现不出来高温组对水和离子在温度上的影响（至少两个正方形中间的得是高于常温）。
现在我已经计算出体系中每个原子在轨迹中的平均温度，但不清楚他们应该对应什么样的坐标。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-5 21:49
不应当以具体原子来作图，而应当转化成格点数据来作图。图中划分成比如50*50个格子，对整个轨迹已平衡的部分进行统计，得到每个格子里原子的平均温度（循环各帧、循环各原子，原子如果在某个格子里，将其温度累加到这个格子的值上，然后除以累加次数），然后作图

作者
Author: mtlin 时间: 2025-1-5 23:00

sobereva 发表于 2025-1-5 21:49
不应当以具体原子来作图，而应当转化成格点数据来作图。图中划分成比如50*50个格子，对整个轨迹已平衡的部 ...

好的，谢谢社长

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