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标题: 分子在划分片段之后，怎么判断各个片段所带的电荷数量？ [打印本页]

作者
Author: 〇66 时间: 2025-1-6 14:59
标题: 分子在划分片段之后，怎么判断各个片段所带的电荷数量？
本帖最后由〇66 于 2025-1-6 15:00 编辑

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在阅读了Sob老师的帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）后，想通过SobEDA的方法来计算分子各个片段的ΔE_rep，从而判断出其位阻大小。

分子在划分片段之后，需要在fragment.txt文件中写出每个片段的净电荷和自旋多重度，单个分子整体是不带电的，想麻烦问一下各位老师怎么判断上图中各个片段所带的净电荷？

目前第一个小一点的分子我划分的是 1 1， -2 1， 1 1 （不知道对不对），第二个大一点的分子分成5个小片段以后就不太会看了。

作者
Author: k64_cc 时间: 2025-1-6 15:27
RDKit，sanitize之后GetFormalCharge

作者
Author: 〇66 时间: 2025-1-6 16:36

k64_cc 发表于 2025-1-6 15:27
RDKit，sanitize之后GetFormalCharge

可以麻烦问一下有没有用肉眼直接判断的方法呢？谢谢

作者
Author: ghifi37 时间: 2025-1-6 21:29
做布居分析，按片段加和不行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 02:23
各个片段做sobEDA分析时净电荷都用0

用Multiwfn算一下片段电荷就知道各个片段的净电荷都接近0，本来就没任何理由用带电状态作为参考态

作者
Author: 〇66 时间: 2025-1-7 09:21

sobereva 发表于 2025-1-7 02:23
各个片段做sobEDA分析时净电荷都用0

用Multiwfn算一下片段电荷就知道各个片段的净电荷都接近0，本来就没 ...

感谢Sob老师回复，我明白啦，谢谢您。

作者
Author: 〇66 时间: 2025-1-7 09:42

sobereva 发表于 2025-1-7 02:23
各个片段做sobEDA分析时净电荷都用0

用Multiwfn算一下片段电荷就知道各个片段的净电荷都接近0，本来就没 ...

麻烦再问一下老师。我在用sobEDA跑的时候，出现了如下的报错，是不是说明电荷写的有问题呢？不能都写为0：
Number of fragments: 3

Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 6,23-24,27,31-32,35-36,47-53,60-67
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

我的fragment.txt如下
3
0 1
6,23-24,27,31-32,35-36,47-53,60-67
0 1
1,3-4,7-11,13,19-22,28,39-46,54-59,68-71
0 1
2,5,12,14-18,25-26,29-30,33-34,37-38,72-78

作者
Author: 〇66 时间: 2025-1-7 16:44

sobereva 发表于 2025-1-7 02:23
各个片段做sobEDA分析时净电荷都用0

用Multiwfn算一下片段电荷就知道各个片段的净电荷都接近0，本来就没 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 14)
老师您好我的分成五部分的fragment.txt文件如下，换了好几个自旋多重度都不对，一直在报错，我在考虑是不是电荷没有写对的原因
5
0 3
28,31-32,46,50,60-63,72-73,89-92,108-111,128-131
0 2
3-4,6-7,12-13,20-21,23-26,35-39,57,69-71,80-83,98-104
0 2
1,10,14,19,27,29-30,49,58-59,74,84-85,95-97,105-107,113-114,132
0 2
2,5,8-9,11,16-18,22,33,42-45,64-66,75-79,86-88,93-94,112,119-122
0 3
15,34,40-41,47-48,51-56,67-68,115-118,123-127

下面的文件是我的分子坐标
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 03:20

〇66 发表于 2025-1-7 16:44
老师您好我的分成五部分的fragment.txt文件如下，换了好几个自旋多重度都不对，一直在报错，我在考虑是 ...

跟电荷毫无必然联系
屏幕上的提示说得没法更清楚，自己看out文件判断原因

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