计算化学公社

标题: 求助过渡态构象搜索时DFT优化是否需要限制的问题 [打印本页]

作者
Author: pxc12310 时间: 2025-1-6 21:30
标题: 求助过渡态构象搜索时DFT优化是否需要限制的问题
各位老师好，在sob老师《Molclus FAQ》一文中提到了关于过渡态构象搜索的问题，我想问一下在经过xtb gfnff和gfn2两次固定反应区域原子进行批量优化并保留一定构象后，是否在后续的DFT优化和振动分析中仍然需要使用限制。使用的计算级别是b3lyp(D3)/6-31g**
经过尝试，进行DFT限制性优化的过程中出现优化难收敛和小虚频的情况，用了calcall和gdiis等也没有解决问题，请问我是需要继续尝试其它帮助收敛的方法，还是干脆放开限制，如果我不放开限制的话，得到的热力学校正量合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 01:52
FAQ里我说了

为了严谨起见，建议以上述构象搜索得到的能量最低一批结构作为初猜再次优化过渡态，并取其中能量最低的过渡态。

理应最后放开所有限制。优化到实际的过渡态后将有且只有一个虚频，热力学量该怎么算还怎么算，下文的做法对过渡态同样适用，Shermo自动不考虑虚频模式对热力学量的贡献
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

更多信息看
谈谈有小虚频时热力学量的计算
http://sobereva.com/699（http://bbs.keinsci.com/thread-43116-1-1.html）

作者
Author: pxc12310 时间: 2025-1-7 11:39

sobereva 发表于 2025-1-7 01:52
FAQ里我说了

理应最后放开所有限制。优化到实际的过渡态后将有且只有一个虚频，热力学量该怎么算还怎么 ...

感谢sob老师您的建议，我之前是误解了“建议以上述构象搜索得到的能量最低一批结构作为初猜再次优化过渡态”这句话了，我以为是把构象分布都算出来后再选能量最低的几个进行再次过渡态搜索。实际上正确的做法是在gfn2批量优化后就将选择保留的构象进行过渡态搜索和能量计算再进行构象分布计算，我这样理解对吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 03:24

pxc12310 发表于 2025-1-7 11:39
感谢sob老师您的建议，我之前是误解了“建议以上述构象搜索得到的能量最低一批结构作为初猜再次优化过渡 ...

没有本质区别，最后都是要获得DFT优化的不同过渡态构象下的自由能。是否先用GFN2-xTB只不过是否做个预先筛选而已，流程可自己决定

作者
Author: pxc12310 时间: 2025-1-8 17:05

sobereva 发表于 2025-1-8 03:24
没有本质区别，最后都是要获得DFT优化的不同过渡态构象下的自由能。是否先用GFN2-xTB只不过是否做个预先 ...

好的感谢您sob老师

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