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标题: 求助：在预平衡只对盐桥做限制，模拟时出现段错误（核心已转储） [打印本页]

作者
Author: linhan 时间: 2025-1-6 22:30
标题: 求助：在预平衡只对盐桥做限制，模拟时出现段错误（核心已转储）
大佬们，我参照一篇文献说的，在预平衡只对盐桥做限制，然后gmx mdrun就报错了。我想知道具体是什么原因？是不是我topol里面设置的问题，还是mdp问题，我已经设置gen_vel=no，而且我在不对盐桥做限制，对其他进行限制，比如骨架，都没有这个问题。还是盐桥限制不应该是这样设置的呢？请老师们指教一下

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 02:00
都没体现力常数是多少，没法回答

诸如此类问题，为了便于排查，盐桥别一下子设一堆，而且力常数从小到大逐渐测试。并且建议用[bonds]项实现距离限制

作者
Author: linhan 时间: 2025-1-7 23:24

sobereva 发表于 2025-1-7 02:00
都没体现力常数是多少，没法回答

诸如此类问题，为了便于排查，盐桥别一下子设一堆，而且力常数从小到大 ...

谢谢老师，是的您说的对，学到了。后面我检查了一下，应该是盐桥这里参数设置的不合理导致的，我修改了一下，就可以正常跑了

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