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标题: 碱性亚胺水解，水被羧基夺走氢，进攻亚胺碳的过渡态IRC曲线跑出似乎两个过渡态？ [打印本页]

作者
Author: zep 时间: 2025-1-7 00:34
标题: 碱性亚胺水解，水被羧基夺走氢，进攻亚胺碳的过渡态IRC曲线跑出似乎两个过渡态？
本帖最后由 zep 于 2025-1-7 13:30 编辑

各位老师好，我在研究碱性条件下的亚胺水解遇到了有关过渡态的一个问题，想请教各位老师，我搜索的过渡态是谷氨酸羧基夺取水中氢，进而氢氧根进攻亚胺的碳原子，我搜索到了对应过渡态唯一虚频，振动方向也可以对应，跑IRC验证时发现反应物的结构是可以对应的，即为图中的右端，但是左端对应的产物的结构在中间似乎出现了缓坡似乎存在一个能垒极低的过渡态，因为我查看IRC曲线发现，在原有羧基夺氢，氢氧根进攻亚胺碳之后，亚胺的氮原子接着夺取了水中氢，水中氢氧根又夺取了羟基（刚才进攻在亚氨碳原子的羟基）的氢，最后才停下来，所以是不是氮原子夺取水中氢也存在一个能垒极低的过度条，但是我看文献有的是不存咋过渡态，N直接夺取氢，是因为夺取的不是水中氢吗？请各位老师指教。（由于文章还未发表IRC文件暂时无法上传请各位老师体谅）
2025年1月7日13:18:49补充：经过论坛老师提醒已上传大致反应机理，同时通过查看sob老师IRC博文应该是一步过渡态，但是比较复杂，文献中也找到了类似的过渡态例子是一步过渡态，但是纠结另一点，找出的这种反应机理合理吗？通过第二个水分子传递氢而不是质子供体类似谷氨酸

作者
Author: sai77 时间: 2025-1-7 11:58
看社长的文章里写的倒数第四个QA
《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》
http://sobereva.com/400

另外错别字太多，语言表达得有点混乱
即使不放输入输出文件，也应该画个反应式简单描述一下反应

作者
Author: zep 时间: 2025-1-7 13:08

sai77 发表于 2025-1-7 11:58
看社长的文章里写的倒数第四个QA
《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》
http://sobereva.com/400

好的多谢指点，我修改一下语言，放上反应式，感谢

作者
Author: sai77 时间: 2025-1-7 14:12
水作为质子梭没什么奇怪的
你如果觉得应该是酸作为质子梭，那就把传递质子的部分替换成酸，再找过渡态，跟水作为质子梭的能垒进行对比。
类似下面图片里这篇文章

作者
Author: zep 时间: 2025-1-8 13:43

sai77 发表于 2025-1-7 14:12
水作为质子梭没什么奇怪的
你如果觉得应该是酸作为质子梭，那就把传递质子的部分替换成酸，再找过渡态，跟 ...

好的多谢老师指点，我去看看参考研究

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