计算化学公社

标题: 敬请诸位大牛推荐一下10W预算下能攒出来的配置 [打印本页]

作者
Author: nkallwar 时间: 2017-2-21 21:13
标题: 敬请诸位大牛推荐一下10W预算下能攒出来的配置

课题组主要是跑Gaussian，做20~150原子范围内的DFT，研究反应机理

10w以上必须学校采购，所以想把预算控制在10w一下

诸位大牛有什么好的推荐，不胜感激。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-2-22 00:37
10万要塞一台机器里？如果10万给我，必须政府采购，我会买三台这个帖子的配置(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3978)。这个帖子一台机器做过125个原子有机分子(含3个Br, DZ基组)的过渡态。再大可能吃力一点。或者再稍微提高些的 CPU，大概5W一台买俩。10万买一个感觉亏

作者
Author: 缠绕指 时间: 2017-2-22 09:52
本帖最后由缠绕指于 2017-2-22 10:05 编辑

这价格买一台只能上中低端四路，很不划算。买两台高端双路绰绰有余了。单、多线程性能都要好的多。

只要不是跑那种顶配双路跑不动，非要高端四路才能跑的任务，都是尽量买双路要好一些。
E5-2680 V4、2690 V4、2695 V4这一档综合性价比是最高的，低点的要么频率低，要么核太少，再往上核多了频率也低，价格还明显高许多，也不划算。

每台五万的预算，CPU可以加到双路E5-2695 V4，每个CPU 18核，比楼上的2690 V4大概俩CPU 贵5000~8000块，然后内存加到160~192G左右就可以了，总共加价不会超过10000块钱。

如果机器缩一点，CPU E5-2660 V4这个档（这是上双路E5的最低推荐门槛），每台机器能比楼上降3000~5000，内存容量不能降，勉强可以买3台，如果需要跑的任务相对小，但是任务多的话，也是不错的选择。

作者
Author: nkallwar 时间: 2017-2-22 11:31

liyuanhe211 发表于 2017-2-22 00:37
10万要塞一台机器里？如果10万给我，必须政府采购，我会买三台这个帖子的配置(http://bbs.keinsci.com/foru ...

多谢指教

不用塞一台机器里，但要考虑机器不要占地方太大：）

主要是固定经费下实现计算效率最大化，您那个做125原子过渡态计算平均大约花了多少时间，B3LYP/6-31g*的计算级别？

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-26 15:54
本帖最后由 yjcmwgk 于 2017-2-26 17:04 编辑

方案1(激进方案)：
说实话，如果只有9.9万预算，那好，我的建议是，
约4万元左右买1台E5-2690v4的双路节点，用来跑大任务或者急任务。就是这帖子里的推荐：
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3978
约6万元左右买6到9台E3-1270v5的单路节点，主要用来跑中等任务，究竟买几台就看你打算配多少内存了：
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5008

方案2(嗑药方案)：
其实呢，既然研究反应机理（主要就是靠L502/L703/L1002/L1110），那么你们对内存容量的要求其实并不很高，这些模块的并行效率又惨不忍睹，还不如全部八核i7-6900K或者更激进一点六核i7-6850K走起！别买那个十核的i7-6950X，那个有点坑了。
不过这个方案，肯定是全部“民用高端CPU+民用主板+民用硬盘”，第一二年应该爽得要命，第三四年应该管理很烦，第五六年应该就纷纷宕机啦。民用件儿，拿来当服务器用，必然各种寿命不耐啊。你要做好“毕业后，管机房的师弟天天打电话骂我”的心理准备。
其实我觉得方案2更适合刚刚拿到青年基金的筒子们！
仔细想想，方案2的适合人群，需要同时满足以下几点：“（1）不怕折腾，电脑一出问题立刻兴冲冲拿起螺丝刀（2）缺钱，一分钱经费恨不得拍成两半儿花（3）一锤子买卖，不成功则成仁，要么青年基金三年做出较好成果并继续拿下面上基金，要么没做出啥东西来，面上基金拿不到了，而这时候机器们也纷纷歇菜了”
话说这种配置就像嗑药，牺牲服务器寿命，换取短短几年的高运算量。
来个更嗑药的！上25到35台四核的i5-6600K或i7-6700K或i7-7600K或i7-7700K的机器并全部超频至1.2~1.3倍，当然这根本就是拿计算机当“耗材”用。

正统方案：
买3台E5-2667v4或4台E5-2643v4的双路节点。

@liyuanhe211 @jiewei 两位李老师，我就想问，如果是你，你选啥呢？请两位李老师分别作答！
@绕指缠

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-26 16:35
本帖最后由 yjcmwgk 于 2017-2-26 16:44 编辑

刚刚注意到你说地方不要占据太大
容易！看这里看这里！

采用方案1，路由器1个U，8台机器占8U，每两个机器之间留1U的缝儿，买个22U的标准机柜足够了。
采用方案2，路由器1个U，20台机器占20U，每两个机器之间也留1U的缝儿，买个42U的标准机柜也足够了。

千万别买图腾啊大唐啊这些牌子的机柜。我自己这儿因为机器越来越多必须弄机柜了，问了半天总嫌贵（屌丝气质凸显），最后去昌平那儿找了个电焊个体户，我出图纸他焊钢板，1000+搞定了，而且我觉得比那些品牌机柜还更结实呢！
（这里随手一搜就用了戴尔服务器做例子。但是就你的经济实力来说，千万别买戴尔）
(, 下载次数 Times of downloads: 63)

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-2-26 16:38

yjcmwgk 发表于 2017-2-26 15:54
方案1(激进方案)：
说实话，如果只有9.9万预算，那好，我的建议是，
约4万元左右买1台E5-2690v4的双路节 ...

经非常有限的测试，以政府采购询价E5 V2 和 V4 系列为准，opt+freq的并行效率和高频CPU的溢价相互抵消（前者有利于高频少核，后者花同样的钱买高频的“总频率”远不如买多核的、有利于多核低频），从两个因素叠加的程度来看，让我自己再买的话还是买多核（大概2.5G+、十好几核的E5）、不买高频（3.+G、高端E3，i7，高频E5）。

另外Gaussian一般DFT任务确实用的内存不太多，但要用ORCA的RI双杂化装个逼还是要多些内存，每核4、5G才不会使得内存成了决速步，加之内存不像CPU需要一步到位，哪天有闲钱一点点儿就加上来了。

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-26 16:41

liyuanhe211 发表于 2017-2-26 16:38
经非常有限的测试，以政府采购询价E5 V2 和 V4 系列为准，opt+freq的并行效率和高频CPU的溢价相互抵消 ...

你还没选呢！老李快选！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-2-26 16:43

yjcmwgk 发表于 2017-2-26 16:41
你还没选呢！老李快选！

选哪个方案么？
→_→要是将来我自己做老师穷的叮当响，肯定去搞一坨ES或者2手自己拼着玩

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-26 16:45

liyuanhe211 发表于 2017-2-26 16:43
选哪个方案么？
→_→要是将来我自己做老师穷的叮当响，肯定去搞一坨ES或者2手自己拼着玩

后怕（摸心口……）原来我还没穷到玩儿ES的地步

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-26 16:47

liyuanhe211 发表于 2017-2-26 16:38
经非常有限的测试，以政府采购询价E5 V2 和 V4 系列为准，opt+freq的并行效率和高频CPU的溢价相互抵消 ...

嗨，老李，俺终于有机柜了。
我自己这儿因为机器越来越多（20+节点）必须弄机柜了，问了半天总嫌贵（屌丝气质凸显），最后去昌平那儿找了个电焊个体户，我出图纸他焊钢板，1000+搞定了，而且我觉得比那些品牌机柜还更结实呢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-2-26 17:32
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-2-26 17:33 编辑

yjcmwgk 发表于 2017-2-26 16:47
嗨，老李，俺终于有机柜了。
我自己这儿因为机器越来越多（20+节点）必须弄机柜了，问了半天总嫌贵（屌 ...

我在实验室就找人要了几个钢架子自己搞的，都略锈了，管它几U能不能抽出来的，是个架子防住了就行

，就是被老板看见说你这整的跟建筑工地似的

作者
Author: nkallwar 时间: 2017-3-2 18:34
本帖最后由 nkallwar 于 2017-4-24 12:47 编辑

yjcmwgk 发表于 2017-2-26 15:54
方案1(激进方案)：
说实话，如果只有9.9万预算，那好，我的建议是，
约4万元左右买1台E5-2690v4的双路节 ...

非常感谢指导 :)

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