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标题: 求助:跑IRC时怎么进行波函数稳定分析？ [打印本页]

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Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-7 11:15
标题: 求助:跑IRC时怎么进行波函数稳定分析？
请教各位老师，在跑IRC时，如何同时进行波函数检测？我在IRC输入文件中写入stable，Gaussian启动后瞬间就停止了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-7 11:21
对过渡态结构的波函数做稳定性检测，确保稳定后，写两个gjf文件，分别是IRC forward与或IRC reverse方向，均读取过渡态波函数chk文件，过程中不再对轨迹结构做波函数稳定性检测。例如对于g16，过渡态chk文件名假设为TS_stable.chk，那么IRC forward方向gjf文件关键词示例为
%oldchk=TS_stable.chk
%chk=IRC_f.chk
#p irc(calcfc,forward,maxpoints=50) B3LYP chkbasis guess=read geom=allcheck

IRC reverse方向gjf文件关键词示例为
%oldchk=TS_stable.chk
%chk=IRC_r.chk
#p irc(calcfc,reverse,maxpoints=50) B3LYP chkbasis guess=read geom=allcheck

没有量化软件支持在IRC过程中对每一帧结构做波函数稳定性检测，这样过于耗时，容易导致用户骂软件公司，一般也没必要这么做计算。如果你非要对每一帧结构做波函数稳定性检测，需要自己提取IRC每一帧结构，依次做波函数稳定性检测。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-7 11:52

zjxitcc 发表于 2025-1-7 11:21
对过渡态结构的波函数做稳定性检测，确保稳定后，写两个gjf文件，分别是IRC forward与或IRC reverse方向， ...

感谢老师的回复！意思是如果过渡态波函数是稳定的，那么就不用再判断IRC波函数是否稳定了吗？如果是这样的话，我能否读取过渡态的chk文件，不指定forward和reverse关键词，直接默认让IRC两边一起跑呢？如果IRC跑完了，我是否应该判断两边最后一个点的波函数是否稳定呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-7 12:00

Xx_DerEnTh 发表于 2025-1-7 11:52
感谢老师的回复！意思是如果过渡态波函数是稳定的，那么就不用再判断IRC波函数是否稳定了吗？如果是这样 ...

不是一定不用，而是一般不用。你要是怀疑你的体系十分特殊，也可以自己手动检验每一帧结构的波函数稳定性。

永远建议forward/reverse分开跑。对于电子结构特殊的体系，forward/reverse放在一个文件里跑是十分危险的事情，假设forward先跑完，reverse第一个结构会读取forward最后一个结构的波函数，这二者结构和波函数相差十分巨大，如果碰到双自由基体系，容易造成定性错误。原理上讲forward第一个结构和reverse第一个结构都应读取过渡态的波函数。

最好应当检验一下IRC两端最后一个点的波函数稳定性。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-7 12:04

zjxitcc 发表于 2025-1-7 12:00
不是一定不用，而是一般不用。你要是怀疑你的体系十分特殊，也可以自己手动检验每一帧结构的波函数稳定性 ...

好的，谢谢老师！万分感谢！

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-9 05:11

zjxitcc 发表于 2025-1-7 12:00
不是一定不用，而是一般不用。你要是怀疑你的体系十分特殊，也可以自己手动检验每一帧结构的波函数稳定性 ...

老师您好，想再请教一下，我算IRC时一直报错l502，试了很多方法，最后用xqc才收敛，检测IRC最后一个点的波函数稳定性时，显示不稳定。请问这种情况，我跑出来的IRC还能用吗？或者说这种情况该怎么处理呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-9 10:11
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-1-9 10:12 编辑

Xx_DerEnTh 发表于 2025-1-9 05:11
老师您好，想再请教一下，我算IRC时一直报错l502，试了很多方法，最后用xqc才收敛，检测IRC最后一个点的 ...

可以用xqc。你是否按我在2L和4L的回复内容进行的IRC计算？如果是的话，你应当说一下是哪个方向、算了多少步不收敛，最好能展示一下IRC两个方向的gjf文件中的关键词、展示一下报错信息，不要过于简略“一直报错l502”。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-9 10:37

zjxitcc 发表于 2025-1-9 10:11
可以用xqc。你是否按我在2L和4L的回复内容进行的IRC计算？如果是的话，你应当说一下是哪个方向、算了多少 ...

感谢老师的回复，我是按照前面您说的步骤进行计算的。在算Forward方向时，能够正常运行，但算Reverse方向时，我记得是第三步之后，就出现了l502报错，最后我用的xqc跑出来了，原来报错的文件被我覆盖了，这是我用xqc跑的时候输入的关键词：
%oldchk=E:\Gaussian\Data\TS1.chk
%chk=E:\Gaussian\Data\TS1_IRC_Reverse.chk
%nprocshared=7
%mem=14GB
#p guess=read pbe1pbe/genecp em=gd3bj irc(calcall,maxpoints=180,stepsize=8,reverse) scf(xqc,maxcyc=200,fermi)
请老师指正

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-9 10:41

Xx_DerEnTh 发表于 2025-1-9 10:37
感谢老师的回复，我是按照前面您说的步骤进行计算的。在算Forward方向时，能够正常运行，但算Reverse方向 ...

（1）如果你之前在产生TS1.chk的计算输入文件中写了nosymm，那么在IRC任务中也要写nosymm。
（2）有xqc通常没有必要写fermi。
（3）我不是很建议你写/genecp，因为chkbasis就可以从chk文件里读取基组和赝势数据，不需要自己再写一篇，有的人粗心大意，再写一遍反而写错了，又或者无意间更换了基组（就是搞错了）。
（4）检查完上述三点后，检查一下IRC reverse任务输出文件第一处SCF Done是不是1圈收敛。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-9 10:50

zjxitcc 发表于 2025-1-9 10:41
（1）如果你之前在产生TS1.chk的计算输入文件中写了nosymm，那么在IRC任务中也要写nosymm。
（2）有xqc ...

感谢老师指正，我已检查一遍，第1点和第3点没有问题，第4点确实是1圈收敛： SCF Done: E(UPBE1PBE) = -778.960168343 A.U. after 1 cycles。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-9 10:56
本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-1-9 11:02 编辑

zjxitcc 发表于 2025-1-9 10:41
（1）如果你之前在产生TS1.chk的计算输入文件中写了nosymm，那么在IRC任务中也要写nosymm。
（2）有xqc ...

请教老师：我现在可以保存IRC最后一点的结构，用stable=opt关键词进行优化吗？这是否是当前状况合理的做法？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-9 11:12

Xx_DerEnTh 发表于 2025-1-9 10:56
请教老师：我现在可以保存IRC最后一点的结构，用stable=opt关键词进行优化吗？这是否是当前状况合理的做 ...

最好先确保IRC正常跑完，哪怕跑30步、40步也可以，也是相对更接近反应物和产物。假设你IRC forward方向的任务是正常跑完的，若提取最后一帧结构做单点计算检验波函数稳定性时发现波函数不稳定，且稳定波函数的能量低于IRC forward输出文件里的能量，那说明forward方向跑到某一步就波函数不稳定了，这半条IRC不是很可靠，需要追溯到波函数不稳定的那个结构，算出其稳定波函数，然后续跑IRC。这时候也可以换个技术手段，就是你题目中一开始说的让程序在IRC过程中每帧结构都检验波函数稳定性是有必要的，但我目前没见过有程序支持这个，可能需要自己写程序调用Gaussian实现。

作者
Author: Xx_DerEnTh 时间: 2025-1-9 11:44

zjxitcc 发表于 2025-1-9 11:12
最好先确保IRC正常跑完，哪怕跑30步、40步也可以，也是相对更接近反应物和产物。假设你IRC forward方向的 ...

谢谢老师，我加xqc跑Reverse方向上的IRC最终是跑完了的，但波函数不稳定。
我跑IRC主要是判断过渡态是否正确、有无中间体以及得到反应物和产物，对于目前这条不是很可靠的IRC，是否意味着我无法进行前述的判断？如果最终要优化IRC得到的反应物或产物，是否意味着我必须要保证整个IRC中，每个点的波函数都是稳定的情况下，优化出来的结构及能量才能用？

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