公社群聊Q&A整理：2016.09.30 18 ~ 2016.10.07 19 Concate - 计算化学公社

2016.09.30 17:39:34
Q:
[图片]
请问大家我这个语法错误是哪里错了？
一个自由基不就是双重态吗
那 td 二重态怎么写呢
A:
非单重态时你TD里写singlet 、triplet都白搭。更何况根本没有doublet，看手册
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2016.09.30 18:14:54
Q:
大家好我问一下，我计算两个分子的结合能经过BSSE矫正过，一个为-350 另一个为-370 哪一个结
合能大呢？
我对这个负号不太理解
A:
越负越大，结合越强。
结合能=复合物-分子单体。能稳定结合时，复合物显然能量比分子单体的加和更负
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2016.09.30 18:59:17
Q:
sober老师麻烦问一下如何用高斯09计算transition energy？@Sobereva
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.09.30 19:29:10
Q:
[图片]
请问一下，这里没有做荧光的选项，怎么做荧光发射光谱啊
A:
to Score Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.09.30 19:59:48
Q:
老师，你好，我的结构优化完了，我想做能量计算，但总是无法提交，麻烦老师帮我看看是哪儿出问题了
[图片]
A:
看报错提示
基组这么烂没法用
最起码6-31G*
没事甭加弥散
难以理解宁加往往毛用没有的弥散也不加极为重要的极化的人的心态
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2016.09.30 20:18:22
Q:
Sob老师我想在gromacs中用UFF力场参数是否可以将UFF力场引入gromacs中
A:
按照原文的参数自己写gmx力场文件或许可以，但会很花时间精力
如果只需要其中很少量参数大抵还行
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2016.09.30 21:29:07
Q:
谢谢sob老师。不过双杂化泛函用g09怎么实现啊？
A:
内置的看手册，非内置的看
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
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2016.09.30 22:49:15
Q:
老师，我的计算结果中有虚频，问了个老师说是在原坐标基础上加上虚频的二分之一值，这样对吗，那样
的话负的不是更负了吗，老师你看看这样算再优化对不对[图片]
A:
那都是歪门邪道。看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
而且就算个别情况有必要这么搞，直接在gview观看振动频率界面里按虚频模式略微移动然后保存所得结
构就完了，也用不着自己用excel
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2016.09.30 22:50:48
Q:
请问sob老师，我计算离子对的相互作用能[图片]
但是结果中只有这两行@Sobereva
[图片]
没有您例子中的这几行[图片] 您知道怎么回事吗？
A:
高斯版本太老。D.01开始就有这种输出
Q:
我是在超算上算的，那如何查找结果呢
A:
你图中不就是结果
Q:
但是找不到单独 A 或者B的能量所有没法算相互作用
A:
输出文件里有，自行搜MCBS，这里写了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
。如果都懒得搜，自己单独算个就完了
Q:
[图片] 我搜了但是SCF DONE 之后就没结果啦
A:
什么没结果
counterpoise校正算5次能量，每次什么含义前头都有提示
先弄清楚counterpoise计算基本流程
Q:
我是看到您的例子中SCFdone之后会输出A的单独能量[图片] 而在我的结果中没有找到，所以我想问问
我先看看您的博文吧可能版本不同输出结果格式不同
A:
你完全理解错误
程序算5次能量，先提示你接下来要算什么，然后下面第一次输出的能量就是这个东西的能量。提示五次
，给你5次能量。最后是个summary
Q:
sob老师，我知道输出的5次能量，但是每一次 SCF done 之后没有能量输出呀，您能麻烦帮我看一下我的
输出文件吗？谢谢啦！
A:
SCF Done本身不就是能量输出
你如果做的是MP2或双杂化计算，后面EUMP2就是你要取的能量
能量都赫然输出了还怎么输出
Q:
但是我看到您的例子中，SCF done 的能量与EUMP2能量有很大不同，那用b3lyp/6-311++g(d,p) scf
done的能量就是想要的能量？
A:
显然是
这就是不懂基本理论就计算的后果
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2016.09.30 23:16:42
Q:
请问，用gview看轨道，如果是体系是蛋白，几万个原子，激发态优化完了后，拖到gview里，轨道分析的
按钮是灰白的啊，这种情况，怎么进行轨道分析呢？
A:
几万个原子用高斯优化激发态是开玩笑呢
拿高斯用半经验优化基态都搞不动
Q:
/偷笑几万个原子，我也是醉了
A:
撑死了是用ONIOM对极小一部分做激发态优化，然而ONIOM的chk根本没法看轨道
Q:
我吃了一鲸
几万个原子
A:
几万个原子TDDFT激发态优化，下一代人努力的目标
Q:
现在能做到多少
A:
一百多的CHNO体系用6-31G*用好点的服务器还是可以的
Q:
2个数量级~
换算成时间的话~9个数量级左右吧
[emoji][emoji][emoji]
好像有人算过矩阵维数1.5亿左右的FCI
A:
是的
Q:
cisd，如果把<i|Hj|>存到内存，我的破本子，8G内存，算个苯直接报错
一般都是边用边算
A:
恩，direct CI
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2016.09.30 23:22:48
Q:
老师，看轨道不应该是从几何的FCHK出发看轨道吗？
A:
意义不明
几乎干任何事的fch都可以看
结构合理就行
Q:
从TDDFT的结果中看跃迁从A轨道到B轨道，轨道的图形从几何的FCHK看
之前有同学问我TDDFT的CHK转化成FCHK看的轨道和几何的不一致
A:
取几何结构优化最后的结构，用相同级别算一遍单点，或用相同级别做一次TD，得到的chk里的轨道，和
你几何优化最后的chk里的轨道是完全一样的。
Q:
比如说用B3LYP/6-31G*算几何，TD用M062X、6-311G*算的，该怎么看轨道呢？
A:
你就用M062X/6-311G*算TD得到的chk看轨道
Q:
/擦汗我以前一直用算几何的chk看轨道
天哪
A:
[图片]
Q:
可不可以用M062X/6-311G*算一个单点得到的chk看轨道呢？
A:
可
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2016.09.30 23:47:25
Q:
请教一下，做T1诊断，T1值刚好比0.02大一点点，比如0.021的时候，也必须考虑用多参考方法吗
A:
否
Q:
那是一般比0.02大很多的时候才考虑吗，稍微大点不考虑多参考方法，用B3LYP的结果可信吗
A:
标准没那么绝对
>=CCSD级别耦合簇已经能一定程度能处理静态相关了
精度要求不太高的话纯泛函算算静态相关明显的体系也说得过去
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2016.10.01 00:46:55
Q:
各位老师，请问一下除了计算解离焓，还有什么方法能分析共价键的强弱?
A:
拉普拉斯键级
条件：对于同类键，或者都是非极性键
Q:
谢谢老师。那么按照您的说法，我使用拉普拉斯键级比较一个吸附过程前后的某共价键的强度变化，可以
吗？
A:
可
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2016.10.01 00:56:04
Q:
请教一个问题，KisTHeIP是免费的吧，发文章用这个引用一下就可以了，没有版权问题吧？
A:
显然免费
引个原文就够了
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2016.10.01 01:15:46
Q:
群友能否提供几个靠谱的计算资源，自费进行计算，想找个经济实惠的。
北京计算中心貌似有免费计算十万小时工作
深圳超算中心，服务还不错
A:
http://www.csrc.ac.cn/en/
Q:
北京计算中心的全称是什么意思啊？
北京计算中心的全称是什么啊？
A:
【链接】CSRCHome
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2016.10.01 01:29:10
Q:
关于Nwchem的安装能帮我看看怎么回事吗？@【传说】Sobereva
make nwchem_config
config/makefile.h:140: /gpfssan1/home/qiqi/nwchem_test-6.6/src/config/nwchem_config.h: 没有
那个文件或目录
make: /gpfssan1/home/qiqi/nwchem_test/src/tools/guess-mpidefs：命令未找到
make -C config -f make_nwchem_config NWCHEM_MODULES="all"
make[1]: Entering directory `/gpfssan1/home/qiqi/nwchem-6.6/src/config'
echo \# This configuration generated automatically on \
`hostname` at `date` > nwchem_config.h
echo "# Request modules from user: all" >> nwchem_config.h
fragment uccsdt uccsdtest urand; do \
sed s/STUBROUTINE/$routine/g stub.skeleton >> ../stubs.F ; \
done
cp util_module_avail_F.begin ../util/util_module_avail.F
echo "c This function was auto generated by make_nwchem_config" >>
../util/util_module_avail.F
for module in NWints analyz atomscf bq cafe ccca ccsd cons cphf dangchang ddscf dntmc dplot
drdy driver esp etrans fft gradients hessian mcscf mm moints mp2_grad nwdft nwmd nwpw optim
perfm prepar property qhop qmd qmmm rimp2 selci solvation space stepper symmetry tce vib vscf;
do \
echo " case (""$module"")" >> ../util/util_module_avail.F ; \
done
cat util_module_avail_F.end >> ../util/util_m
odule_avail.F
make[1]: Leaving directory `/gpfssan1/home/qiqi/nwchem-6.6/src/config'
fragment uccsdt uccsdtest urand; do \
sed s/STUBROUTINE/$routine/g stub.skeleton >> ../stubs.F ; \
done
cp util_module_avail_F.begin ../util/util_module_avail.F
echo "c This function was auto generated by make_nwchem_config" >>
../util/util_module_avail.F
for module in NWints analyz atomscf bq cafe ccca ccsd cons cphf dangchang ddscf dntmc dplot
drdy driver esp etrans fft gradients hessian mcscf mm moints mp2_grad nwdft nwmd nwpw optim
perfm prepar property qhop qmd qmmm rimp2 selci solvation space stepper symmetry tce vib vscf;
do \
echo " case (""$module"")" >> ../util/util_module_avail.F ; \
done
cat util_module_avail_F.end >> ../util/util_module_avail.F
make[1]: Leaving directory `/gpfssan1/home/qiqi/nwchem-6.6/src/config'
在make 文件的地方出错了
或者哪位有编译好的nwchem可以分享下吗？谢谢了
A:
用我博文里的编译器和系统，用博文的流程编译，肯定什么问题也没有
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2016.10.01 01:36:15
Q:
求助：高斯用 MP2方法算垂直发射能的命令行，这样写对吗 # MP2(nstates=5,50-50,root=1)/def2-
qzvppd
A:
不懂基础理论乱写。MP2算什么激发态...
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.10.01 01:40:42
Q:
[图片]问一下，从这个网上下载的gromacs5.1.2,能算原程序吗？
A:
显然是源代码
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2016.10.01 01:51:51
Q:
大博士，双能级公式中，如果用不同的泛函分别计算激发能和偶极矩差时，在计算偶极矩差中，找最大
的振子强度对应的激发态偶极矩使用计算激发能是的最大振子强度还是计算基态时的？
A:
意义不明
Q:
比如，B3LYP/6-31G*计算激发能和振子强度，M062X/6-311G*计算偶极矩差，在计算偶极矩差中，找最大
的振子强度对应的激发态偶极矩使用计算激发能是的最大振子强度还是计算基态时的？
A:
这莫名其妙，凡是牵扯激发态，不管是算激发态偶极矩还是算激发能、振子强度，级别都应当一样
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2016.10.01 01:52:32
Q:
请教用下面公式计算辐射寿命时，各个变量的单位是什么？文献中一般说跃迁能是电子伏特，寿命是纳秒
，由于没有看到公式的出处，按文献上的数值反推出C^3 ,有的文献是30多，有的文献是40多，不知道C的单位
到底是啥？请明白人指点一下，谢谢！ [图片]
A:
这里说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.10.01 01:55:57
Q:
sobereva老师，如果我优化一个分子用6-311+G(d,p)这个基组，我再用tzvp基组算一下，能否用上一个基
组的chk文件？如果用了，有什么特殊的影响吗？
A:
可，无影响
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2016.10.01 02:15:52
Q:
[图片]
老师，这是哪里出了问题
A:
source后头空格
Q:
[图片]
l老师，显示权限不够是什么意思
A:
你先上网多看看linux使用基础
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2016.10.01 03:08:01
Q:
见笑了，我没描述清楚，用oniom做的激发态优化，想用gview看qm部分的轨道电荷转移情况，gview的轨
道分析的按钮失效，怎么解决呢？
A:
ONIOM的chk看不了轨道
自己把QM部分抠出来算个单点
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2016.10.01 07:06:09
Q:
请教一个问题，我有个动力学软件，是２０１４版的，它需要ＭＫＬ数学库文件。ＭＫＬ２０１３版当然
是能用了，但是现在只有ＭＫＬ２０１７版的。这个动力学软件会不会不识别ＭＫＬ２０１７呀？
A:
也有可能。
Intel的东西不同版本目录名、文件位置老变。先试试再说
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2016.10.01 17:24:37
Q:
请问高斯计算NMR，结果报错，该怎么调整？
[图片]
[图片]
基组我用的LanL2DZ,优化计算Raman都没有问题，现在我算优化好的结构的NMR，就报错了
A:
甭从chk读数据，直接写清楚基组定义和结构，还出错就贴关键词
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2016.10.01 20:08:17
Q:
请问tddft和cas两种方法找圆锥交叉点有什么不同吗？
A:
搜索算法都一样
Q:
那这两种方法的优劣势各是什么呢
A:
显然CASSCF贵得多，用起来麻烦得多，但描述圆锥交叉可靠性也高得多
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2016.10.01 20:41:28
Q:
[图片]
这种应该就是CDA分析吧？
A:
CDA目的本身不是画这种图的，但Multiwfn的CDA模块可以干这个
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2016.10.01 20:44:14
Q:
激发态动力学用高斯的BOMD还有CPMD可以做吗？还有什么别的推荐吗
A:
newton-X
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2016.10.01 21:34:54
Q:
[图片]大家好，高斯优化后出错，log文件最后面是这样的，求解？
A:
opt=cartesian
Q:
sob老师能解释下吗？
A:
没什么好解释的
内坐标出错显然换成笛卡尔坐标
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2016.10.01 23:44:48
Q:
请教个问题：处理金属离子，如Cr, Al等，只能用雁势基组吗？普通基组有什么缺陷？
A:
Al用赝势纯属多余，第四周期开始才有必要。
Cr用全电子基组完全没问题
Q:
谢谢！我用普通基组，如6-31+G(d,p)可以优化成功，但是用雁势基组，如LANL2DZ时，经常出现die
l502
A:
具体问题具体分析
Cr用lanl2dz也完全没问题，精度会比6-31+G**低，但明显更省时
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
对Cr原子，用6-31+G(d,p)计算可以吗？我看文献中用的都是赝势基组
A:
可以
无特殊情况，用弥散纯属多余，白浪费时间，还难收敛
Q:
我是用LANL2DZ基组，在6-31+G(d,p)优化之后的结构基础上进行优化，然后出现l502或者l103错误/流泪
我是用LANL2DZ基组，在6-31+G(d,p)优化之后的结构基础上进行优化，然后出现l502或者l103错误[表情]
A:
此做法完全多余
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2016.10.02 00:02:07
Q:
[图片]
寻找过渡态，得到的过渡态计算频率，Displacement一直是NO，加了opt=tight 也是这样 ,请问这种情况
怎么办
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
显然光用tight不解决问题
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2016.10.02 00:11:22
Q:
请问老师：计算（cl20和dnp分子间的）零点能的话，用6-311++和6-311+区别大么，哪个更好
A:
都根本不能用。没极化算个毛
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
不好意思老师，应该是6-311++g**和6-311+g**，哪个会好些
A:
显然前者结果更好，但是只好一丁点，根本不划算。氢加弥散没什么用处
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2016.10.02 00:29:04
Q:
卢老师，我优化一个中间体和过渡态，但过渡态的能量总是比中间体的低1.2kcal/mol，IRC也准确，这种
情况该如何处理,
电子能正常吗
李老师，都正常，可怎么优化都低一点
A:
如果用的是电子能量，明显找的过渡态不是直接连通那个中间体的
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2016.10.02 02:45:34
Q:
请问老师这样的错误应该怎么解决？
输入文件[图片]
pbs中加入了[图片]
得到的输出文件
请问老师这样的错误应该怎么解决？
输入文件[图片]
pbs中加入了[图片]
得到的输出文件[图片]
[图片]
A:
看B2PLYPD3能否正常计算
如果不是E01，先换E01再试
----------------------------------------------------
2016.10.02 03:58:25
Q:
请问在wingdows下如何将chk文件转化为fchk文件啊
在服务器上算的
转化总是显示内存不够
A:
木虫的回复够坑，也不看看计算平台一致不
当转换过大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置比如export GAUSS_MEMDEF=4000000000，即允许
formchk调用4GB内存
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2016.10.02 04:17:47
Q:
[图片][图片]老师，请问一下在超算上算激发态，出现这种情况该如何改呢？
A:
设大%MEM
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2016.10.02 05:07:48
Q:
是不是做一个简单分子的结构优化，比如基组是6-31g*。用dft方法既便宜又准确啊，用mp2和hf等方法都
不如它是吧
A:
HF明显不如DFT
泛函选好的话，精度会比MP2更好，耗时低得多
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2016.10.02 05:16:57
Q:
[图片][图片]我在算第一激发态频率的时候出现的这个，服务器早就停了没注意
A:
td里甭写read
Q:
谢谢sob老师我去查查为何不用read
A:
提示里很明确表明chk里没有要被read的激发态组态系数信息
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2016.10.02 22:39:57
Q:
结果文件提示任务没有完成，但是和一般算出来的结果文件差不多。是有什么bug，还是我的输入文件有
问题呢？/抓狂
等下
[图片]
[图片]
好了
就是这样。
这是结果文件。输入文件只是加了，产生wfn的语句。其他的就没有了。
输入文件关键词第一个图里有。
A:
你写out=wfn又不在最后空一行写上.wfn文件的输出路径，显然会报错
Q:
为什么会出现上面的问题？我的输入文件应该没有问题，难道是g09的bug吗？/疑问
A:
你就是没按格式要求写wfn输出路径，没别的
不要轻易说是程序bug
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2016.10.03 03:03:23
Q:
老师，请问一下。我如果要分析拉普拉斯键级。体系中含有氢键。我优化时引入弥散函数，然后再算一个
单点能，这时不加弥散函数，得到波函数文件，使用multiwfn进行分析，可以吗？
A:
拉普拉斯键级本来就不怕弥散函数，只不过加不加弥散函数几乎不影响结果
另外，优化氢键体系也没太大必要用弥散函数
----------------------------------------------------
2016.10.03 03:14:19
Q:
老师不同的基组优化时有的出现虚频有的没有都是正常结束是正常的吗
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
该处理的要处理掉
Q:
老师 opt freq 可以一次进行吗
A:
当然可
Q:
直接读CHK文件是不是就可以直接看轨道了？
A:
gview处理本机产生的chk可以
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2016.10.03 03:28:53
Q:
嗯，谢谢sobereva老师。我写了，只是没有截图给你们看。我想问问什么上面图里的结果，我可以等同于
几何优化成功，用里面的数据吗？
[图片]
A:
可
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2016.10.03 05:18:01
Q:
我看到有的文献说某某分子轨道含4p成分多的时候，重复一下结果发现是极化P shell成分高，这样说成
4p合理吗？
A:
合理
Q:
谢谢sob sennsei 就是说极化只是描述最外层的形变？
A:
极化P shell具体怎么说？
对重原子P也不是极化函数
Q:
就是比如TZVP比TZV多的部分
A:
那个也不能叫极化P shell
P=polarized，和P角动量意义完全不同
Q:
比如一共4个P角动量Shell，前三个我以为是不严格的代表2p 3p 4p最后一层我以为是极化Fe P
0.1349150 1.0000000。老师的意思是只有F角动量是极化这层P不代表极化？
A:
对Fe而言，>=f角动量才叫极化函数
更多的P壳层只是加强对价层p电子的描述，或者如果是指数很小的P壳层的话，用来描述弥散特征
Q:
请问你说的屏蔽是什么处理，google关键词是？
A:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)、Molecular Electronic-Structure Theory
(Helgaker)里面都有积分屏蔽的介绍
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2016.10.03 19:03:48
Q:
你需要什么文献？
你看可以吗？
你是从事什么研究？
不明觉厉；
高大上
加你好友
哪个学校的？
A:
请注意群共享里群规，字号请勿超过12
----------------------------------------------------
2016.10.03 19:15:52
Q:
求助，安装gamess2016时，最后的测试出现这样的问题
[图片]
[图片]
[图片]
这三类问题，有人知道怎么解决吗
A:
这都是运行问题不是安装问题。
前俩怎么解决提示已经很明确了，甭用并行
----------------------------------------------------
2016.10.03 23:11:52
Q:
[图片]这是个HOMO但是为什么看起来像一个反键sigma轨道？谢谢
A:
你没把负值部分显示出来
----------------------------------------------------
2016.10.03 23:28:56
Q:
请问开壳层体系的分子轨道不能用Homo，lumo，那该如何表示呢
A:
ROHF用SOMO
UHF单独说alpha和beta的HOMO/LUMO
----------------------------------------------------
2016.10.03 23:45:24
Q:
请教大家一个问题，在用VMD看分子轨道时。可以像GaussView一样移动分子的位置吗？想把一个分子移动
到窗口的中心位置，可以实现吗？如果可以的话，该怎么操作？谢谢了。
A:
按t之后拖动体系
----------------------------------------------------
2016.10.04 17:08:55
Q:
[图片]我想问一下，这个错误怎么解决？谢谢啊/太阳
嗯，我试试。谢谢你啊[表情]
出现了上面的情况/疑问
你的第一个截图像是高斯的bug，说改构型能解决只是恰好数值上避开了，第二个图是输入格式不对，提
供输入文件看看
混合基组优化，一前一后的输入格式。@LiYuanhe
关于第一个图，其实我的做法是从其他基组优化结果导出的输入文件。导致了第二个图的计算结果。/冷
汗
不想暴露结构的话截图的时候保留第一个和最后一个原子
老师，能帮我看看上面的问题如何解决吗？谢谢Sobereva老师
A:
liyuanhe都已经回复了
问得不清楚、提供信息不足，谁也没法给出解决对策
----------------------------------------------------
2016.10.04 23:37:03
Q:
[图片] 大神，我用博尔德列夫的AdNDP分析软件，请问最后这个错误是怎么导致的？
A:
用Multiwfn做AdNDP，比你用的那个强得多
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
Q:
负暄撤回了一条消息
A:
那是你不会用
当然会搜出来很多，阈值自己可以调，挑出来多少都由自己
Q:
阈值在0.9以上就有很多
A:
很正常啊
你用什么程序搜都一样，超过0.9的都是那么多
Q:
如果我把这些轨道都挑出来，那一个原子就没有价电子成键了呀？
A:
靠程序看似“自动化”地去搜索，搜出来大多根本不是最理想的pattern
对于闭壳层，首先阈值就不可能用0.9。完美双占据那是2.0，阈值你怎么着也得设1.7、1.8这样
Q:
是开壳层的
A:
大于0.9自然会有一堆
数值太低的（哪怕大于0.9，这是个比较宽的阈值）你都当成单中心取了，自然剩下归属于多中心的就没
了
Q:
如果按照我自己想的去选轨道，最后倒是也可以满足正好
A:
那不就完了
Q:
可是，这样子主观性太强了啊
A:
本来主观性就强，这就是AdNDP的缺点！
Q:
发文会不会被毙掉
A:
AdNDP方法根本就没有定义一套特定的搜索流程，只要搜索，必定有任意性
哪可能毙掉，除非你乱取
我跟你说，AdNDP原作者的文章里的取法都有明显错误的
Q:
按我想要的，取，这样子会不会有乱取的可能
A:
AdNDP用的时候必须结合化学直觉反复尝试，找到最佳的取法，这本身这就有任意性
此方法首先就注定不可能严格在取法上自动化、程序化
Q:
如果发文引用他，他会不会指责？
A:
引用什么？
引个multiwfn原文，引个AdNDP原文就够了
Q:
指责合理性？AdNDP分析的话得引用原作者
A:
你指责合理性干嘛
你就研究你自己的
Q:
八重态的负离子，那七个单电子轨道的选取比较任性，但八重态总要有七个单电子呀
A:
UHF/UKS轨道本身就没有alpha和beta之间一一对应关系，尤其是自旋极化程度很高的时候，此时单电子这
个概念已经含糊了
Q:
我可以不考虑多重度的因素，只依据占据数来分析？
我看到原作者合作的一篇过渡金属钴掺杂硼的文章里面还考虑了多重度
A:
如果你不打算非得让alpha和beta的pattern对应，就两个自旋分别处理，以占据数为参考，怎么最大程度
合理怎么弄
如果考虑非得alpha、beta的pattern对应，并还富余出来alpha单电子什么的，就用RO波函数，先搞beta
，然后参考beta得到的pattern去pick alpha的AdNDP轨道，那些单电子肯定体现在那些残余alpha电子之中，
可以再进一步挑轨道专体现单电子。
----------------------------------------------------
2016.10.05 03:31:11
Q:
老师，我在使用dushin时出现[图片]
这是什么问题呢？怎么处理
A:
输入文件大抵格式不对
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2016.10.05 05:00:47
Q:
各位老师，我近期打算购买一些关于化学类的中文教材自学(导师报销)，如有机化学、无机化学、固体化
学、物理化学(最好是网上或实体书店中能买到的)，请大家推荐几本。
A:
可以买本徐光宪的《物质结构》
字号不要超过12！
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2016.10.05 05:14:40
Q:
请问为什么高斯中的红外光谱图纵坐标是强度而不是吸光度？
A:
强度和摩尔吸收系数之间的关系：
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.10.05 05:26:56
Q:
混合基组优化
[图片][图片]
这是我的输入文件
[图片]
这是结果文件。
混合基组优化
[图片][图片]
这是我的输入文件
[图片]
这是结果文件。我是从其他基组优化结果导出的构型用新的基组优化的。（这个方法有问题吗？我不太确
定，希望老师指点）结果文件显示的错误如何解决呢？谢谢Sobereva老师和LiYuanhe (整理Q&A)。
我是从其他基组优化结果导出的构型用新的基组优化的。（这个方法有问题吗？我不太确定，希望老师指
点）结果文件显示的错误如何解决呢？谢谢Sobereva老师和LiYuanhe (整理Q&A)。
A:
test多余
原子坐标和基组定义之间空一行别空两行
----------------------------------------------------
2016.10.05 05:28:17
Q:
哪位老师遇到过这样问题，我用CYLview画图的时候常常出现这种问题[图片]，而后就无法完成，不知道
该如何解决
正常结束应该最下面显示为：Done!
A:
你仔细看我博文里的例子
----------------------------------------------------
2016.10.05 05:30:59
Q:
sob 老师请问下MP4/6-311+g(d，p)方法计算的能量精度怎么样？
A:
不怎么样，基组太烂，极化函数不够
Q:
Sob 老师请问我如果用CCSD(T)/6-311++G(3DF,2DP)计算单点能，这样的精度可以接受吗？
A:
虽然可以，但这是很差的组合
pople基组用在后HF很不合适
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
不好意思，再次请教一下sob 老师，刚才看了SOB 老师您的《谈谈能量的基组外推》帖子，我采用CC-
PVDZ,cc-pvtz 两个基组外推，用QCISD(T)的方法在我们服务器上算不动，现在想采用MP2的方法加CC-
PVDZ,cc-pvtz 两个基组外推精度如何？
A:
一般
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2016.10.05 06:15:33
Q:
请问Multiwfn手册3.13.1节在哪里能找到？
A:
[图片]
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2016.10.05 06:28:26
Q:
请问如何做吸收光谱图，通过对优化好的基态结构用TDDFT做单点能？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.10.05 07:06:28
Q:
sob老师，优化分子结构最简单最粗糙的是什么方法
A:
从什么角度讲？
Q:
越快越好，越简单越好
avogadro就有这个功能
极其粗糙的优化
我不知道它用的啥方法
A:
分子力场
Q:
这个作为一个粗糙的优化还可以吧
先用它，后用opt
A:
优化算法对于分子力场和量化方法是共通的
分子力场用极为简单的势函数来表现势能面
----------------------------------------------------
2016.10.05 07:56:30
Q:
老师:在找过渡态的时候，先用qst2找过渡态出错（9999），我是否可以用这qst2的结果，作为qst3的过
渡态初始猜测，再进行计算？谢谢……@Sobereva
A:
看最后结构啊
不靠谱的话什么用也没有
----------------------------------------------------
2016.10.05 08:14:10
Q:
请问，gromacs的轨迹和拓扑文件可以转换成amber的轨迹和拓扑文件吗？
A:
没有简单的办法
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2016.10.05 12:49:15
Q:
各位专家，请教一下，各种linux系统，哪一个装各种计算化学程序可能会最不容易出问题？我知道对熟
悉linux的人来说，各种版本应该都一样。但是我自己有过经历，当时装nwchem怎么都折腾不好，组里负责装
程序的人也弄不好；最后换了一个debian的机器，才顺利装上。所以想请教一下，这些linux的版本是不是有
哪些比较“标准”，在编译程序的时候比较不容易出问题？谢谢大家！
A:
CentOS或redhat enterprise linux
----------------------------------------------------
2016.10.05 17:39:49
Q:
请问在团簇几何结构分析中某两种元素原子的平均键长（ABL）是对团簇所有这两类原子的距离求平均？
还是只对它们成键的原子之间距离求平均呢？
A:
只对成键的
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2016.10.05 18:06:57
Q:
请教一下，我计算一体系分子，基态能量比较结果：三线态能量比单线态能量低，能不能说明该分子基态
是三线态的存在？
A:
只要用的计算级别合理就能
----------------------------------------------------
2016.10.05 18:29:24
Q:
多谢Sobereva老师，再请教，这个成键的标准或判断方法有哪些呢？也就是如何取这个成键距离？
A:
没有确切标准，根据化学直觉判断
或者以共价半径和为参考适度增加一点（比如20%）
----------------------------------------------------
2016.10.05 18:33:10
Q:
Out-of-memory error in routine CPoise-RestMO (IEnd=17640579614408 MxCore= 268435456)
Use %mem=16823368MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /gdata/lun5/xrxu/g09/l122.exe at Wed Oct 5 11:22:28 2016.
老师，这个是不是内存出问题？@Sobereva
A:
8成是计算级别不合理
Q:
# 6-311++g(2d,3p) counterpoise=2 geom=connectivity
A:
基组超恶心
重原子2d只适合给氢撘一个p
给氢加弥散也没什么意义
而且默认是HF，谁用这个算弱相互作用
----------------------------------------------------
2016.10.05 18:39:35
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
老师，什么时候应该加范德华矫正？什么时候不加？我在做一个反应机理，应该加吗？加校正之后，算
出来的结果与不加算出的结果反应产物不同。
A:
看具体体系，以及所用理论方法
反应体系及反应过程如果不牵扯明显弱相互作用，可以不加
或者如果牵扯，但用M062X之类足矣描述色散作用的方法也可以不加
----------------------------------------------------
2016.10.05 18:40:26
Q:
老师，我想计算若相互作用的自由能变，焓变，m062x/6-31+g*是否可以呢？算自由能变没法用
counterpoise吧？
A:
没有任何特殊性
仔细看我博文
----------------------------------------------------
2016.10.05 18:59:15
Q:
请教各位大神：Gaussian模拟用了最大的基组之后最后两项不收敛怎么办？[图片]这样的计算完成了吗？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.10.06 02:51:23
Q:
老师，如果是400个原子的体系，偶氮苯+苯+炔烃的共轭大分子体系，我先用PM6优化，然后该使用什么基
组好优化好，如果6-31g*基组太大，耗时太长，老师建议什么基组呢？
A:
用ORCA做RI-BLYP-D3/def2SV(P)，高斯就甭想了
一般来说PM7来优化精度已经基本够了
Q:
我想优化后计算激发态td，那PM7的优化精度够了是吗？
A:
相对于这种规模的体系，够
Q:
高斯有PM7吗？以前只用过PM6
A:
MOPAC2016做
g09没有
同样是半经验计算，MOPAC比高斯也快得多
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2016.10.06 03:11:40
Q:
化学奖是molecular mechines……
一眼看成了mechanics
A:
me too
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2016.10.06 03:26:59
Q:
[图片]请问老师这是什么错误，G09单点能计算CCSD
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.06 03:59:18
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
请问大家一个问题，高斯为什么会出现已经有4个Yes收敛了，还没有正常结束
A:
看报错提示
说不清楚就上传输出文件
Q:
还没有计算结束，有很多步都是4个yes，但是就是没有正常结束
你做了opt=modredundant？
[图片]
没有啊
请大家帮我看看
已经有非常多步都是4个Yes，但是为什么没有正常结束，还在一直算
正常
哪位大侠知道为什么？谢谢了
为什么？这时算不算正常结束了?
它还在找更低的能量
有时候出来最后的结果反而不是4个yes，中间却有别的yes
那就是说还是得接着算吗？
对
哦，谢谢了
我没见过这种情况。你那是opt 4个收敛限通过之后，freq不是4个yes吧
与此输出文件不同
[图片]
（虽然还不知道原因是什么）但这关键词太脏
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
对的
对的
可将最后的结构提取后，用 #p PBE1PBE/genecp opt 为路径计算，看是否正常
这些关键词都是必须的，没觉得怎么脏
看：
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
越查越糊涂，李老师，库仑力（Coulomb forces）算是非共建相互作用力的一种对吧？@LiYuanhe
“都是必须得”毛线，要不你挨个论述一下必要性？[图片]
maxcycle=512 是必须的？？！
哈哈，老师们淡定淡定。。
opt=z-matrix是必须得？maxcycle=200是必须得？！
[图片]
conver=8是必须得？！
你加不加conver=8对照一下输出文件看看？！
[图片]
SCF=maxcycle=512是必须得？！你哪一次超过128次没收敛但是512次以内收敛了？
别太吹毛求疵
怎么写，达到自己目的就行了
你使用的方法几乎总会比默认方法浪费更多时间；且组合一些乱七八糟不必要的关键词常会导致奇怪的问
题，应将关键词简化至最简后看问题是否仍然存在，并逐一对照找出问题所在（如 #p PBE1PBE/genecp opt
大多数情况根本没问题，几乎不可能是在这一案例中出问题一步一步加上去的，而且加的很多本来就不合理）
。爱改不改。
[图片]
不过这收敛了不退出是挺奇怪的
A:
初学者老写一堆垃圾关键词，再加上对理论知识和程序使用稀里糊涂，出错都不知道什么导致的。我看见
一堆垃圾关键词问报错怎么办的情况都不爱回答
Q:
请问这里是因为什么出错了，sob老师？
A:
前面的人已经回复过了
要想问，先把垃圾关键词都清掉，重算一遍，再把出错的输出文件传上来
Q:
按照这个逻辑，是因为垃圾关键词的事，如果重算就不应该出错了！！！
A:
没有必然性！
但看见垃圾关键词就烦，会增加出错的可能性！把问题复杂化！
不要随便联用三个感叹号
Q:
高中生物对照实验及格没？你扔一空白实验，然后改了1000个变量得到一个奇怪的结果，问是哪个变量造
成的，鬼才知道。简化实验、控制变量这是科研人员的基本素质。
A:
凡是碰见出错，搞不清楚原因，最先应该想到的是把问题简化，减小导致出错的因素
曾经无数我自己搞不懂的问题，都是通过简化、反复对比、尝试，得到最终有用结果以及收获宝贵经验
----------------------------------------------------
2016.10.06 04:34:14
Q:
老师，用AdNDP选取轨道的时候，不连续的轨道怎么选出来
比如说我要选5,10 以及15,20
我可以5,20，然后删除11,14吗？对结果是否有影响
A:
屏幕上有提示，直接输入编号
Q:
不是选取，是选取不连续的
屏幕上的提示只能选连续的呀
A:
取完一批再取一批就完了
Q:
录取了第一批第二批就没有难道这是不合理的吗
A:
说明电子在这两批之间可能被共享得很厉害，取完一批，留给另一批轨道的电子已经很少，不足以超过阈
值
这种情况，如果你一次就把那些轨道都取出来，并不合理，相当于明显高估它们的占据数
----------------------------------------------------
2016.10.06 04:46:00
Q:
你这个辅助软件不错哈能共享否
[图片]python写的，一直没空发布成exe（每次python2exe都好多问题）。如果把所有的库都带着压缩完
了还217MB，不好意思发布/糗大了
能接受的话传个百度云也行[图片]
以及还有些小bug，不过一般用着没事
我这边python是3.x的。。。大丈夫？
[图片]
倒是是3.x，不过按自己的习惯依赖了一些乱七八糟的东西，比如显示分子结构依赖mogli以及装好的
spartan什么的。。。
[表情]写能给所有人用的软件好难哦
A:
特别是普及开来后会遇到各种奇葩用户
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2016.10.06 05:03:27
Q:
用gview绘制荧光光谱图时，博文里说手动将S2、S3态的振子强度设为0，请问各位高手这一步怎么操作？
[表情]
用gview绘制荧光光谱图时，博文里说手动将S2、S3态的振子强度设为0，请问各位高手这一步怎么操作？
/微笑
老师，请问Gaussview里显示的UV-vis图，纵坐标导出的时候总是Epsilon，请问怎样导出才是右侧的振
子强度呢？[图片]
A:
自己改高斯输出文件里的f。或者在Multiwfn绘制光谱图的界面里改，有相应选项
曲线的纵坐标只能是epsilon
振子强度是对展宽之前而言的，是量化计算直接输出的
仔细看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.10.06 06:35:16
Q:
反应的过渡态比一个中间体的能量低，是不是不合理
但是IRC能够跑到这个中间体
A:
问这类过渡态比中间体能量高的问题前应该先明确能量是电子能量还是热力学量
Q:
电子能量
有没有可能是泛函选择的不好？已经尝试B3LYP M062X都是相同情况
A:
IRC又不可能U型，显然过渡态电子能量必然比中间体高
要么中间体连通的根本不是这个过渡态
“但是IRC能够跑到这个中间体”这描述显然是错误的
“反应的过渡态比一个中间体的能量低”、“但是IRC能够跑到这个中间体”这两个条件完全矛盾
----------------------------------------------------
2016.10.06 07:11:48
Q:
老师，是不是IRC方法仅能用于定位有过渡态的反应的反应路径，而NEB方法还能定位无过渡态的反应的最
低能量路径?那如果用高斯如何能给出无过渡态反应的反应途径的细节信息呢?@Sobereva
A:
IRC是概念，不是方法
NEB是找MEP或IRC的方法。IRC和MEP本质上相同，只不过前者是质权坐标下，后者是非质权坐标下
高斯里对于此类问题可以做优化，但把步长上限限定得很小。或者做柔性扫描。
----------------------------------------------------
2016.10.06 17:39:58
Q:
[图片]结果文件，这个是什么导致的呢？/疑问谢谢
[图片]结果文件，这个是什么导致的呢？[表情]谢谢
A:
换基组再试，诸如def2TZVP。
wfn文件路径前头空一行别空两行
----------------------------------------------------
2016.10.06 19:10:52
Q:
[图片]我用gview打开log文件，出现了这样的错误，恳请各位高手支招
A:
路径别有中文
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2016.10.06 19:22:33
Q:
Liyuanhe老师，想问个问题，含有溴原子的体系至少应该用什么级别？
6-311G（d）是否够用？
还是6-31+G(d,p)
是不是6-31g只适合H-Cl
A:
6-31g根本不适合H-Cl！
又不加极化
什么够用看算什么、要求的精度，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2016.10.06 19:45:52
Q:
不客气
[图片]
社长，出现这种是因为超出限制了么，还是别的什么？
A:
数值大小超过输出格式宽度
如果数据明显不合理，就是数值不稳定性或bug造成的
Q:
数值合理，和实验预期也一致
这个文件gv打不开是不是也和这个有关？
A:
看报错提示
Q:
[图片]
A:
和那个没关系
Q:
其实这个问题我问过，但是一直也没有解决
他提示的这个行号啥也没有
本来只是看个光谱用multiwfn就可以了，但是需要看预共振信息就只能求助gv了啊，社长你说如果换
linux gv会不会好点？
A:
一样
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2016.10.06 19:59:42
Q:
[图片][图片]大家好，这篇文字提出的了Z-bond 概念是由静电与氢键耦合作用产生的，我有点不明白的
是静电不是一种基本作用力么，氢键不是主要有静电组成么，那么这种耦合是A-H...B的氢键与其他部分的静
电耦合的么？
A:
造概念
Q:
谢谢Sobereva老师，我是不是可以这么理解，氢键主要是由静电组成的，如果耦合也只能与其他带静电部
分耦合，而不再是这个A-H...B氢键本身，A-H...B本身是氢键已经包含了静电力，氢键和静电不是一个层次的
概念
A:
文中那个体系是在氢键基础上，再额外增加阴阳离子之间那种净电荷之间的相互作用。
氢键作用、离子相互作用算是一个层面的
静电作用是二者底层本质
文中那种提法有一定confusing
----------------------------------------------------
2016.10.06 20:15:36
Q:
老师您昨天回答我的高斯如何计算没有过渡态的MEP“高斯里对于此类问题可以做优化，但把步长上限限
定得很小。”，我没太懂，意思是对反应复合物直接做结构优化计算（优化的步长上限设小点），然后用GV看
的每一帧的结构变化就是MEP路径吗？@Sobereva
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.06 20:52:16
Q:
麻烦问下，高斯可以算盐键键能吗
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.10.06 20:58:07
Q:
群主，有没有这本书啊《Chemical Applications Of Group Theory》
A:
求书的先到群专用邮箱索引里面搜
几乎所有计算化学、理论化学有关的书凡是有电子版的在邮箱里都有
----------------------------------------------------
2016.10.07 00:52:00
Q:
我用sobMECP寻找S1和T1（tddft）的交叉点，结果交叉点的能量比S1和T1都要低，是为什么呢
A:
找出来的点两个态能量相同，怎么会比它们都低
如果是相对于之前找到的它们的各自极小点能量都更低，说明还有能量更低的极小点
Q:
那我要怎么查看最后输出交叉点的分子轨道呢
A:
拿那个结构算个单点，然后用multiwfn或gview看轨道
Q:
最后的输出只有geom，做单点的话，是写单态还是三态呢
A:
up to you
----------------------------------------------------
2016.10.07 05:44:25
Q:
请问一下，Gaussian09 里 int(acc2e=13) 这里的 13 是指 10^13 还是 10^-13 ?
说明书里只是一句带过……
Acc2E=N
Set 2-electron integral accuracy parameter to N
A:
对应这个
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.07 06:15:09
Q:
SOB 老师，请问下我用G3MP2计算单点能，发现稳定物质的能量都能计算，但是过渡态的能量计算都出
错了，这是什么原因？
A:
热力学组合方法不是算过渡态用的，也不是算单点能用的
先看看原文了解下G3MP2的基本流程再去用
----------------------------------------------------
2016.10.07 06:41:41
Q:
请问Taylor & Francis这个杂志在材料方面权威吗？
A:
这是出版社不是期刊
----------------------------------------------------
2016.10.07 07:19:46
Q:
用TDDFT计算荧光光谱时，如何从做S1态优化后导出的log文件中，计算HOMO——LUMO间距？[表情]在此求
教各位老师
用TDDFT计算荧光光谱时，如何从做S1态优化后导出的log文件中，计算HOMO——LUMO间距？/微笑在此求
教各位老师
A:
直接看最后一次输出的LUMO、HOMO轨道能量求差就完了
----------------------------------------------------
2016.10.07 15:18:46
Q:
sob 老师，高斯在计算弱相互作用能时，可以把vdw能量算出来吗？我想计算VDW在整个吸附作用中的
贡献值。我的体系是氧化石墨烯与双酚A，原子种类CHO，总共40多个原子，用B3LYP-D3(BJ) 可以算吗。
A:
这里写了怎么做
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.10.07 17:47:03
Q:
CIS 算激发态，CIS 算相关能，这两个CIS是同一个意思吗
A:
“CIS算相关能”这种描述是不怎么恰当的
CIS只能算激发态，而对激发态的电子相关作用考虑得相当烂
----------------------------------------------------
2016.10.07 18:57:33
Q:
基组设置 6-31G**+ 6-311G**+区别是什么
多家一个1表示什么
你可以用6-31g和6-311g算个水~一看就明白了/呲牙
你可以用6-31g和6-311g算个水~一看就明白了[表情]
加一个1是不是算的快、
基组变大了
算的更慢了
[图片]加1算的快
在一个化合物中，把大的原子基组设定多加一个1，是不是算的快
算的慢
6-311g多加了一个价层轨道
你先把基组定义搞清楚就知道了
[图片]
[图片]
[图片]
GTOshishenme
是什么
A:
gauss type orbital
Q:
？？
A:
看群共享里“基组入门资料小合集”
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