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标题: 求助利用lammps中colvars计算电解液中离子与水分子的pmf值 [打印本页]

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Author: Jasmine123 时间: 2025-1-7 21:10
标题: 求助利用lammps中colvars计算电解液中离子与水分子的pmf值
我想计算电解液中离子与水分子之间的pmf值，于是将所有离子定义为group1，所有水分子定义为group2，利用fix colvars命令来计算，以下是我的colvars配置文件和得到的out.pmf以及out.czar.pmf输出结果，向各位大佬提问：1、这两个输出结果哪个算作pmf值
                              2、out.czar.pmf前一段均为0，后续数值也几乎处于不变的状态，这是为什么，应该怎么调整
                              3、如果out.pmf可以作为pmf结果，为什么只有一个低峰，这与多数文献中的分布情况不同，这是什么原因导致的
                              4、应该怎样设置正确的参数或者有没有推荐的可以学习的文章  谢谢各位大佬

colvarsTrajFrequency 100
colvarsRestartFrequency 1000
units real
indexfile myindex.ndx
colvar {
name distance
width 0.5
lowerboundary 0
upperboundary 15
extendedlagrangian on
extendedFluctuation  0.5
extendedTimeConstant 200
extendedTemp  300
distance {
   group1 { indexGroup groupV1 }
   group2 { indexGroup groupwater }
   }
}

harmonic {
  colvars distance
  forceConstant 10.0
  centers 2.0       # initial distance
  targetCenters 10.0  # final distance
  targetNumSteps 500000
}

abf {
colvars distance
fullSamples 50000
historyfreq  1000
writeCZARwindowFile
}

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