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标题: 自由能计算问题 [打印本页]

作者
Author: harrypotty18 时间: 2017-2-22 11:15
标题: 自由能计算问题
各位老师能够介绍下分子动力学中常见的自由能计算方法原理么？通俗的语言，有条理的公式推导，或者有这方面的书籍资料分享下么？
1.（US+WHAM）与ABF区别是什么呢？
2. Metadynamics属于基于概率的自由能计算么？
3. TI对应实现的自由能计算在动力学软件中有哪些呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-22 12:15
建议看看专著Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology(Chipot)，网上有电子版
这篇也可以看看Current Opinion in Structural Biology 2007, 17:181–186

主流的MD程序如Amber、GROMACS都能支持

作者
Author: harrypotty18 时间: 2017-2-23 16:26

sobereva 发表于 2017-2-22 12:15
建议看看专著Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology(Chipot)，网上 ...

谢谢Sob老师建议

作者
Author: harrypotty18 时间: 2017-2-23 16:30

harrypotty18 发表于 2017-2-23 16:26
谢谢Sob老师建议

Sob老师，分子动力学里面的一维的PMF是否类似量子化学里面的IRC呢？是否可以类比呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-24 01:29

harrypotty18 发表于 2017-2-23 16:30
Sob老师，分子动力学里面的一维的PMF是否类似量子化学里面的IRC呢？是否可以类比呢？

这种类比有点牵强。
PMF一般考察的是规定的一条路径的自由能变化，而IRC的路径是根据IRC算法跑出来的，并且数值是电子能量。

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