计算化学公社

标题: 如何用伞型采样计算数目引起的自由能变化？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-8 14:27
标题: 如何用伞型采样计算数目引起的自由能变化？
如题。
大佬们好！
想计算吸附到石墨烯表面的富勒烯的数目（N）变化引起的自由能变化，能用伞型采样来计算PMF么？
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: Dempey 时间: 2025-1-8 15:59
伞形采样恐怕不能，伞形采样是针对“反应坐标”计算PMF的。
不过你可以试试COLVARS的Contacts类型的CV进行计算，从GROMACS2024版就原生支持了；
或者PLUMED和GROMACS联用使用COORDINATION作CV应该也可以，GROMACS2025版也要支持了

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-8 17:31

Dempey 发表于 2025-1-8 15:59
伞形采样恐怕不能，伞形采样是针对“反应坐标”计算PMF的。
不过你可以试试COLVARS的Contacts类型的CV进行 ...

谢谢您的回复！
我想知道这种方法和副本交换哪种更好呀？
从计算的精度和结果的认可度上来看的话

作者
Author: Dempey 时间: 2025-1-8 19:44

社会主义小战士发表于 2025-1-8 17:31
谢谢您的回复！
我想知道这种方法和副本交换哪种更好呀？
从计算的精度和结果的认可度上来看的话

可以看一下从文献中总结的三种PMF计算方法中的3楼：

PMF计算有几大类方法：
US类：US，REX-US，自适应US等
MtD类：MtD，WT-MtD，BE-MtD等，
ABF类：ABF，eABF，meta-eABF等，
SMD类：SMD+Jarzynski equality
TAMD类：TAMD+eABF estimator
constrain MD类：constrain MD

还有用广义系综方法（REMD，AMD，ITS等+Reweighting）也可以得到PMF

比较推荐用MtD或者ABF类下面的方法，如果不好选择反应坐标的话就用广义系综类的方法

我说的COLVARS推荐使用meta-eABF，用PLUMED就是WT-MtD，我一般用这两种方法，REMD我觉得花销有点大

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-8 19:57

Dempey 发表于 2025-1-8 19:44
可以看一下从文献中总结的三种PMF计算方法中的3楼：
我说的COLVARS推荐使用meta-eABF，用PLUMED就是WT- ...

非常感谢您的回答！
对于我的计算体系，您更推荐哪种方法呢？
我主要考虑计算精度，体系的粒子数大概在60W左右。
学校的超算集群，2*32C Intel Xeon Gold 16*32GB DDR5内存。
计算周期希望在半个月左右。

作者
Author: Dempey 时间: 2025-1-8 22:18

社会主义小战士发表于 2025-1-8 19:57
非常感谢您的回答！
对于我的计算体系，您更推荐哪种方法呢？
我主要考虑计算精度，体系的粒子数大概在 ...

GROMACS推荐使用GPU加速进行模拟，纯CPU很慢，且60W原子数也不少，你现在做无偏动力学的表现是怎样的，每天能跑多少ns

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-9 21:14

Dempey 发表于 2025-1-8 22:18
GROMACS推荐使用GPU加速进行模拟，纯CPU很慢，且60W原子数也不少，你现在做无偏动力学的表现是怎样的，每 ...

一天能100ns

作者
Author: Dempey 时间: 2025-1-9 22:29

社会主义小战士发表于 2025-1-9 21:14
一天能100ns

那表现还可以，可以试试COLVARS的meta-eABF方法，但是收敛的时间不能确保。

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-9 22:53

Dempey 发表于 2025-1-9 22:29
那表现还可以，可以试试COLVARS的meta-eABF方法，但是收敛的时间不能确保。

老师您能具体说说么？可有什么教程么？

作者
Author: Dempey 时间: 2025-1-10 09:05

社会主义小战士发表于 2025-1-9 22:53
老师您能具体说说么？可有什么教程么？

公社上有一篇介绍eABF和meta-eABF的教程：NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算
具体我说的Contact类型的CV去manual看：COLLECTIVE VARIABLES MODULE Reference manual for GROMACS
coordNum比较符合你的要求，但是它是以原子计数的；也可以自定义函数，用custom functions可以定制CV

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-1-10 13:49

Dempey 发表于 2025-1-10 09:05
公社上有一篇介绍eABF和meta-eABF的教程：NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算
...

非常感谢！我现在就来学习一下。

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