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标题: 求助：分子动力学模拟后产生空腔有影响吗？ [打印本页]

作者
Author: x^x 时间: 2025-1-8 16:36
标题: 求助：分子动力学模拟后产生空腔有影响吗？
各位老师好，我构建了一个固体-溶液-固体的模型，最上方用真空层填充，固体层冻结，溶液层由水分子及表面活性剂组成，仅使用NVT。
分子动力学模拟完成后，在溶液层出现很大的空腔，如图。检索到其他帖子中有老师说空腔是建模时固体层与溶液层之间有空隙，因盒子容积不变，导致模拟后产生的气泡。请问各位老师，形成的空腔会有什么影响吗？
另外，在固体-溶液-固体-真空这种体系中，由于设置有真空区域，在动力学模拟参数设置时，DispCorr是否也不应该使用EnerPres呢？敬请各位老师不吝赐教，谢谢。
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 20:54
有什么影响显然取决于你要研究什么，这种事自觉交代清楚

不该用EnerPres

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Author: x^x 时间: 2025-1-8 21:32
本帖最后由 x^x 于 2025-1-8 21:58 编辑

sobereva 发表于 2025-1-8 20:54
有什么影响显然取决于你要研究什么，这种事自觉交代清楚

不该用EnerPres

感谢老师的解答。我主要想通过动力学研究表面活性剂在固体层表面的吸附性质，以及溶液中的不同离子对表面活性剂吸附的影响，然后对比一下固体层附近的水分子层的变化。
固体层与溶液层是通过packmol组装到一起的，组装时有试过将固体层与溶液层的间距调小，但进行能量最小化时会报错，组装时将间距调大一点，能量最小化便能正常进行了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-9 03:05

x^x 发表于 2025-1-8 21:32
感谢老师的解答。我主要想通过动力学研究表面活性剂在固体层表面的吸附性质，以及溶液中的不同离子对表面 ...

用一层固体就够了，没这个问题。此时固体的两侧都是液体，统计数据时对两侧取平均。并且开控压避免存在真空区

作者
Author: x^x 时间: 2025-1-9 11:44

sobereva 发表于 2025-1-9 03:05
用一层固体就够了，没这个问题。此时固体的两侧都是液体，统计数据时对两侧取平均。并且开控压避免存在真 ...

谢谢老师的指导，我再优化下建模。

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