计算化学公社

标题: 求助Hirshfeld电荷分析应用与计算 [打印本页]

作者
Author:
wbqdssl    时间: 2025-1-9 12:17
标题: 求助Hirshfeld电荷分析应用与计算
本帖最后由 wbqdssl 于 2025-1-9 21:10 编辑

各位老师好,我想计算一系列结构相似的药物分子的Hirshfeld电荷,根据电荷大小来判断氧原子等氢键供受体形成氢键的潜力。就是说,如果氧原子A的Hirshfeld电荷为-0.27;氧原子B的Hirshfeld为-0.25,是否可以判断A作为氢键受体能形成更稳定的氢键?这种判断是否正确呢,能否用在正式的文章中?
对于计算细节,我使用Gaussian在B3LYP/6-31G(d,p)下,使用SMD模型,加GD3BJ矫正对小分子进行几何优化,再用Multiwfn中的“Hirshfeld atomic charge”-->" 1 Use build-in sphericalized atomic densities in free-states (more convenient)" 进行计算,精度是否合适?
如果使用“2 Provide wavefunction file of involved elements by yourself or invoke Gaussian to automatically calculate them”调用Gaussian进行计算,用b3lyp/6-311g(d,p) scrf=smd em=gd3bj  这个级别精度够吗?会不会被审稿人质疑呢?
谢谢各位老师!





作者
Author:
sobereva    时间: 2025-1-9 21:36
一定程度可以,但更推荐用ADCH电荷,对表面静电势重现性比Hirshfeld电荷好得多,看下文了解相关知识
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html

更严格的对比方式是考察氧对应的分子表面静电势极小点数值,越负通常说明是越好的氢键受体,看下文
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
静电势与平均局部离子化能相关资料合集
http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

单纯说你问的计算级别问题,当前设置没问题,本来Hirshfeld电荷对基组的敏感度就低(在《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里有专门测试),这种档次基组足矣,而且B3LYP得到的电子密度准确性不错。Multiwfn里选1 Use build-in sphericalized atomic densities in free-states (more convenient)就完了,选2没明显额外好处还更麻烦。

作者
Author:
wbqdssl    时间: 2025-1-9 22:24
sobereva 发表于 2025-1-9 21:36
一定程度可以,但更推荐用ADCH电荷,对表面静电势重现性比Hirshfeld电荷好得多,看下文了解相关知识
一篇 ...

感谢sob老师!!




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3