计算化学公社

标题: ReaxFF文件中出现重复元素如何处理 [打印本页]

作者
Author: Toussaint 时间: 2025-1-9 13:23
标题: ReaxFF文件中出现重复元素如何处理
题主最近在尝试使用Lammps，利用reaxff进行计算，参考的是文献dx.doi.org/10.1021/jz501891y | J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 4039−4043.中给出的参数，计算过程中排查出reaxff参数文件中存在两个Zr元素，如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
元素重复引起lammps在运行时的报错，商业软件ADF在对该文献引用时也提到Zr的重复，其做法是标黄部分的元素符号为Aa，如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
我对这部分参数非常好奇，查阅原文也没有解释为什么出现两个Zr，所以想请教一下这里的Zr是代表不同化学环境的Zr原子吗，如果是的话应该如何进行设置，希望大佬们能给出指导或者参考文献进行学习。
谢谢！！！！

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-20 03:45
我看了一下这两个Zr的参数分别是元素定义里的8号和12号

8号貌似只有自己和自己化学键定义但是12号有和别的元素(C，H，O，Ni，Y，Ba)化学键的定义

所以如果要是用这个参数文件模拟Zr和别的元素原子反应的话建议直接用12号元素的Zr 把文件里第8号Zr改成什么别的名字比如Aa

8号的这个Zr参数应该是开发者偷懒不想给元素重新编号从老的ReaxFF参数文件里留着的最早发表的相同参数出现在这里10.1021/jp046244d 但这文献里面也没有Zr 估计是某种上古ReaxFF屎山参数

希望有所帮助

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)