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标题: 已找到中间体，确认是最稳定构型，从中间体怎么再到过渡态？ [打印本页]

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-9 16:07
标题: 已找到中间体，确认是最稳定构型，从中间体怎么再到过渡态？
已找到中间体，并对中间体构型进行确认最稳定构型，但是再从最稳定构型放开搜寻过渡态怎么也找不到。（已附结构图和坐标）
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# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ub3lyp def2svp empiricaldispersion=gd3 integral=grid=ultrafine scf=(varacc,maxcycle=188) scrf=(IEFPCM,solvent=acetonitrile)
0 3
Mn                1.02262000 -0.05009600 0.38239900
C                3.69201300 -0.85767300 -0.75707900
C                3.48149800 1.34266200 -0.66061800
C                4.91848500 -0.28879100 -1.28300100
C                2.95216300 2.61137200 -0.43166200
C                4.78702200 1.06708400 -1.22547300
C                2.35025000 -2.68252700 -0.23303000
H                5.74979000 -0.88985700 -1.64471400
C                1.70029100 2.87273600 0.11990200
H                5.49769900 1.83274400 -1.53277000
C                2.11159900 -4.11317100 -0.17463500
C                1.16274100 4.19011900 0.39223800
C                0.85799000 -4.28971600 0.32976700
H                2.84140400 -4.85418100 -0.49324500
C                0.31533700 -2.97065300 0.58954200
C                -0.06625700 4.01137000 0.95572600
H                1.68188100 5.12234200 0.17507900
C                -0.29744100 2.58184500 1.02780900
H                0.32601300 -5.22057000 0.52002200
C                -0.94760900 -2.70767200 1.11553500
H                -0.78408000 4.75173300 1.30136700
C                -1.46026300 -1.43961300 1.37243500
C                -1.64046700 0.75797600 1.54426100
C                -2.77127400 -1.16433900 1.92617100
C                -2.88250300 0.18768700 2.03372600
H                -3.50526400 -1.92866000 2.17292900
H                -3.71590300 0.78758600 2.39049100
F                0.37369000 -0.02442800 -1.28523500
F                1.70071300 -0.08053900 2.00498800
N                -1.41185500 2.05669500 1.50791900
N                0.79078600 1.92605500 0.50865700
N                -0.80782200 -0.25971900 1.14300800
N                2.85096700 0.16143800 -0.38530000
N                1.23891400 -2.02594600 0.23911200
N                3.47411000 -2.15968800 -0.68686200
H                3.57196700 3.46914700 -0.69786000
H                -1.58627200 -3.56200000 1.34409000
C                -4.84589800 -1.79701200 -1.10932200
C                -3.48453000 -1.94702800 -1.42332300
C                -2.66586700 -0.83664000 -1.58072800
C                -3.18424200 0.48682300 -1.43425400
C                -4.56987300 0.61446200 -1.11431500
C                -5.37693700 -0.50722900 -0.95587800
H                -5.48591600 -2.67471400 -0.98769300
H                -3.05903400 -2.94832800 -1.53643300
H                -1.59989100 -0.95269700 -1.78522300
H                -5.00316900 1.60875300 -0.98630600
H                -6.43507700 -0.38107700 -0.70930900
C                -2.32581800 1.60655700 -1.58689800
C                -2.76706100 3.02491100 -1.42974400
H                -3.09289400 3.22937300 -0.39155900
H                -1.95071700 3.72564300 -1.65773700
H                -1.26871300 1.39479400 -1.76324100
H                -3.62276100 3.27398800 -2.08429000

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-9 18:55
试过柔性扫描了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-9 23:57
当前结构根本没有过渡态模样，只是个极小点或其附近结构，显然不可能收敛到过渡态去。你也没给出反应机理，别人也不可能知道你要找什么过渡态
看下文了解常识
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-10 10:02

wzkchem5 发表于 2025-1-9 18:55
试过柔性扫描了吗

请问找到最稳定构型之后，需要在进行RPES进行扫描找到能量高点，保存高点结构进行TS嘛？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-10 17:37

jyl2 发表于 2025-1-10 03:02
请问找到最稳定构型之后，需要在进行RPES进行扫描找到能量高点，保存高点结构进行TS嘛？

什么叫RPES？

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-10 19:28

wzkchem5 发表于 2025-1-10 17:37
什么叫RPES？

就是柔性扫描

作者
Author: sai77 时间: 2025-1-10 20:08

jyl2 发表于 2025-1-10 19:28
就是柔性扫描

《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
http://sobereva.com/474

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-10 20:19

jyl2 发表于 2025-1-10 12:28
就是柔性扫描

那个叫relaxed scan

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-13 20:16

sobereva 发表于 2025-1-9 23:57
当前结构根本没有过渡态模样，只是个极小点或其附近结构，显然不可能收敛到过渡态去。你也没给出反应机理， ...

我明白了谢谢社长

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-13 20:16

sai77 发表于 2025-1-10 20:08
《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
http://sobereva.com/474

谢谢

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-13 20:17

wzkchem5 发表于 2025-1-10 20:19
那个叫relaxed scan

谢谢我明白您的意思了

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-13 20:24
找到最稳定构型后，需要对此构型进行RPES，找出最佳过渡态构型，在进行ts

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)