计算化学公社

标题: 如何得到适用于charmm36力场的H3O+itp文件 [打印本页]

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-9 17:00
标题: 如何得到适用于charmm36力场的H3O+itp文件
利用ATB分子库下载的H3O+的itp文件，gmx insert-moleculaes 插入膜的水溶液环境，改了gro文件和top文件以及itp文件里的O原子类型命名，在charmm36力场下跑了md模拟，虽然没有报错，但是这样的模拟应该是存在问题的，可我没法用swissparam和CGenFF生成H3O+的itp文件，我把mol2文件导上去就说不行，所以不知道各位老师有没有什么好的建议，还是说我重新建适用于gromos54Aa7的磷脂膜，之前是用charmm-gui建的膜。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-9 21:27
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件，genmixmem（http://sobereva.com/245）产生磷脂膜的结构文件，然后Slipids膜力场或Lipid膜力场结合SPC/E水模型做动力学模拟，这是最推荐的方案。

另外，gromos54A7根本不是拿来模拟磷脂膜的，非要用联合原子模型也是用与这个力场兼容的专门的膜力场，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲生物膜模拟的部分专门说了：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-9 21:41

sobereva 发表于 2025-1-9 21:27
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件，genmixmem（http://sober ...

太感谢sob老师了，我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗，因为我主要是想模拟酸碱膜环境

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-10 00:32

NEW12138 发表于 2025-1-9 21:41
太感谢sob老师了，我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗，因为我主要是想模拟酸碱膜 ...

合适

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-10 09:13

sobereva 发表于 2025-1-10 00:32
合适

好嘞，谢谢sob老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-1-10 11:09
CHARMM36力场本身就有OH-的参数，H3O+的参数见https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0006349513007455 的SI

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-11 22:02
本帖最后由 NEW12138 于 2025-1-11 22:10 编辑

fhh2626 发表于 2025-1-10 11:09
CHARMM36力场本身就有OH-的参数，H3O+的参数见https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000634 ...

谢谢您的回复，有个问题想进一步请教一下，就是SI里的提供的是电荷信息，我只需要直接加到ions.itp文件里就行，不需要改ffbonded和nonbonded文件是吗，因为这些信息H3O+和OH-是一样的，不知道我这样描述准确不准确。还有就是这个SI里写的atom部分的O是OH2，这个原子类型我看CHARMM力场里的OH-的O是OX，所以有点疑惑。到时候想用您的建议和sob老师的建议都做一下，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-1-12 15:39

NEW12138 发表于 2025-1-11 22:02
谢谢您的回复，有个问题想进一步请教一下，就是SI里的提供的是电荷信息，我只需要直接加到ions.itp文件里 ...

这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-1-12 18:44

fhh2626 发表于 2025-1-12 15:39
这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

好的，谢谢您的回复，我再仔细看看这个文章。所以OH2不重要，只是一个名称

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)