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标题: NPT分子动力学RDF问题 [打印本页]

作者
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Xiaoyuanhui    时间: 2025-1-9 17:35
标题: NPT分子动力学RDF问题
各位老师好:
     想请教一个NPT下RDF计算的问题。我用packmol生成了一个包含Sn Br和有机分子的结构,先跑了NVT,后跑了100ps的NPT,NPT的输入文件附上。在用VMD统计Sn-Br键长的时候,在很短的距离位置1.4埃左右出现了一个峰,查周期表Sn原子半径1.58,Br原子半径1.14。因此RDF中的1.4埃小于了Sn的原子半径,这个结果是哪里出问题了吗。由于NPT过程盒子在变化,VMD计算RDF的时候采用的盒子是依据初始结构的盒子尺寸。统计最后20ps以及5ps的RDF,RDF在1.4埃处依旧有峰,想请教一下这是什么问题啊。

作者
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sobereva    时间: 2025-1-10 00:08
既然是NPT,不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰,只可能是盒子问题
应当用dcd轨迹,记录的每帧盒子该是多大就多大

作者
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Xiaoyuanhui    时间: 2025-1-10 09:51
sobereva 发表于 2025-1-10 00:08
既然是NPT,不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰,只可能是盒子问题
应当用dcd轨 ...

谢谢老师,这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题,后来把fragment的关键词加进去就好了。
此外,还有一个小问题,我跑NPT的时候是用的dcd记录轨迹,VMD处理计算RDF的时候,需要先pbc盒子大小,这里应该怎么操作啊,因为NPT过程盒子在变,而算RDF又需要先设定盒子尺寸。
作者
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sobereva    时间: 2025-1-11 00:25
Xiaoyuanhui 发表于 2025-1-10 09:51
谢谢老师,这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题,后来把fragment的关键词加进去就好了。
...

载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了,不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)的幻灯片专门说了这事:
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

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Xiaoyuanhui    时间: 2025-1-12 15:15
sobereva 发表于 2025-1-11 00:25
载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了,不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www. ...

喔,好的,谢谢老师!




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