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标题: 求助阳离子聚合物传输OH-能量计算 [打印本页]

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xiaobai1    时间: 2025-1-9 20:45
标题: 求助阳离子聚合物传输OH-能量计算
各位老师好,想请教一个问题,我现在准备算一下我的离子聚合物对OH传输的作用力,图中是我准备算的结构,一般这种离子聚合物会形成离子通道传输OH-(图中以一个重复单元为例),现在就是想计算一下OH-通过这个聚合物片段的能垒,(不知道这么说对不对),然后我还有个不同单体的,想做个对比,通过计算看哪个聚合物对传递OH-更有帮助,不知道是怎么去算,看了好几篇文献,也没个头绪 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

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sobereva    时间: 2025-1-9 21:08
光拿这么一个单体分子没法考察这种问题,都没法表现出聚合物环境。这种问题需要拿实际的聚合物模型做量子化学计算(体系适当截断到可以算得动的尺度)或者做周期性的分子动力学模拟(考察传输路径的自由能曲线等)
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xiaobai1    时间: 2025-1-10 19:50
sobereva 发表于 2025-1-9 21:08
光拿这么一个单体分子没法考察这种问题,都没法表现出聚合物环境。这种问题需要拿实际的聚合物模型做量子化 ...

感谢sob老师的回复,后面肯定是想加几个重复单元的到电脑能拖得动,现在就是想问问具体是类似结合能那么算吗EAB-EA-EB,还是怎么去计算这个过程的能量,MD应该可以,但是想知道用量化计算具体怎么去建立这么个方案
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sobereva    时间: 2025-1-11 00:41
xiaobai1 发表于 2025-1-10 19:50
感谢sob老师的回复,后面肯定是想加几个重复单元的到电脑能拖得动,现在就是想问问具体是类似结合能那么 ...

你应当关心的是OH-迁移到不同位置时的整个体系的相对能量,而不是聚合物与OH-的结合能
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xiaobai1    时间: 2025-1-12 17:01
sobereva 发表于 2025-1-11 00:41
你应当关心的是OH-迁移到不同位置时的整个体系的相对能量,而不是聚合物与OH-的结合能

sob老师您好,这种通过势能面扫描的方法是不是可以解决呢?我画了个简单的草图,但是这种应该变成三维的扫描了,其实就是想知道OH-在聚合物体系里的移动路径以及在移动路径下各点的体系能量 这种用gaussian可以做吗
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sobereva    时间: 2025-1-13 00:52
xiaobai1 发表于 2025-1-12 17:01
sob老师您好,这种通过势能面扫描的方法是不是可以解决呢?我画了个简单的草图,但是这种应该变成三维的扫 ...

可以用CP2K或ORCA做NEB计算,得到特定两个位置间迁移的能量最低路径。前者最适合周期性体系(用于孤立体系也可以),后者只适合孤立体系。两个程序做NEB的方法和应用在以下两个培训里也都分别详细讲了,前者讲NEB的篇幅更多
北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP
北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC

北京科音CP2K第一性原理计算培训班给的NEB例子之一,就是考察的迁移路径的能量变化:
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