计算化学公社

标题: 计算氨基酸残基对之间的相互作用能量之前是否有必要做结构优化？ [打印本页]

作者
Author: ynzhou 时间: 2025-1-9 22:11
标题: 计算氨基酸残基对之间的相互作用能量之前是否有必要做结构优化？
氨基酸残基对是从蛋白质复合物的pdb结构中提取出来的，请问是否有必要进行结构优化？目前没做结构优化已经计算完了大部分，后来看了一些文献好像在计算相互作用能量之前做了结构优化，所以不确定要不要重做？（新手不是很懂

）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-9 23:36
需要
参考下文
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: ynzhou 时间: 2025-1-10 15:56
本帖最后由 ynzhou 于 2025-1-10 16:51 编辑

sobereva 发表于 2025-1-9 23:36
需要
参考下文
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

老师，我没有优化重原子，只优化了自己添加的氢原子，这样可以吗？

作者
Author: laoman 时间: 2025-1-10 16:23
看看是什么水平的优化，有些体系用不着QM的方法优化，如果晶体结构的构象，prepare之后就可以直接拿来算了。MD的snapshot或者分子对接拿到的复合物，用MM的方法优化一下也足够的。

作者
Author: ynzhou 时间: 2025-1-10 16:50

laoman 发表于 2025-1-10 16:23
看看是什么水平的优化，有些体系用不着QM的方法优化，如果晶体结构的构象，prepare之后就可以直接拿来算了 ...

是从pdbbind网站下载的蛋白质pdb结构，然后从中提取出来的氨基酸残基对，只优化了氢原子，重原子没有优化可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 00:36

ynzhou 发表于 2025-1-10 15:56
老师，我没有优化重原子，只优化了自己添加的氢原子，这样可以吗？

如果晶体衍射解析度不够高，重原子也必须优化。如果足够高，算基于电子能量的相互作用能可以不优化重原子，但如果是算热力学量，如结合自由能，重原子也得优化后才能再做振动分析得到自由能

作者
Author: ynzhou 时间: 2025-1-11 12:27

sobereva 发表于 2025-1-11 00:36
如果晶体衍射解析度不够高，重原子也必须优化。如果足够高，算基于电子能量的相互作用能可以不优化重原子 ...

所以如果用DFT算基于电子能量的相互作用能就可以不优化重原子，如果用分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能就要优化全部原子，请问老师是这个意思吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 22:12

ynzhou 发表于 2025-1-11 12:27
所以如果用DFT算基于电子能量的相互作用能就可以不优化重原子，如果用分子动力学方法算不同溶剂环境下的 ...

前一句话对
“分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能”根本不牵扯几何优化的事

作者
Author: ynzhou 时间: 2025-1-11 22:47

sobereva 发表于 2025-1-11 22:12
前一句话对
“分子动力学方法算不同溶剂环境下的结合自由能”根本不牵扯几何优化的事

好的谢谢老师，我再学习一下

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