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标题: 求助：Gaussian加速分子动力学模拟原理 [打印本页]

作者
Author: Wan_apppendix 时间: 2025-1-10 13:56
标题: 求助：Gaussian加速分子动力学模拟原理
本帖最后由 Wan_apppendix 于 2025-1-10 13:57 编辑

各位老师好，我在用GaMD做配体对膜蛋白的识别过程。在做到GaMD阶段时，遇到了一些原理的问题。
根据ntcmd+nteb=ntlism的设定，dt=0.002，我首先跑了10ns（500w步）的ntcmd（ntcmdprep设定为20%），后又跑了10ns（500w步）的nteb（ntebprep为20%），跑完这20ns之后，会生成两个文件，分别是gamd.log和gamd_restart.dat文件。针对这几个文件，
①gamd.log文件中的Total-Force-Weight表示的什么意思？
②数据列Boost-Potential-Energy根据文献中的公式为什么计算不出来？
③gamd_restart.dat文件中的数据问什么只有两行，手册中写的是save两次Vmax、Vmin等数据？
④为什么gamd_restart.dat中的Vmax（Vmin）并不是gamd.log中Total-Potential-Energy中的Vmax？
望大佬讲解

Ps：不知道等级太低还是什么原因我上传不了图片和附件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-10 23:50
分子模拟问题别发到量子化学版块，这次给你移动了，以后注意！

认真看置顶的社员必读贴了解怎么贴图和上传文件，此文是所有人发帖前必读

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