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标题: mmpbsa计算的结合自由能的以平均值还是最小值为准 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-10 16:38
标题: mmpbsa计算的结合自由能的以平均值还是最小值为准
本帖最后由 Sunca 于 2025-1-10 16:38 编辑

我已经用gmx_MMPBSA计算出的两条糖链聚集的结合自由能，我还想提取某一帧的结构用来计算氢键结合能来看氢键对聚集的贡献，mmpbsa计算的自由能数据有波动，应该用平均值还是最小值对应帧的结构？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-1-10 23:46
平均值。实际的物质也不可能只停留在势能面最小值点

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-10 23:58
对轨迹做簇分析，取容量最大的簇的代表性结构做这种计算最有代表性

结合能有平均值，但没有与平均值相对应的结构。如果是所有帧的坐标取平均，那得到的通常都是严重扭曲的结构，没有意义。

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