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标题: CHARMM-GUI生成配体拓扑报错 [打印本页]

作者
Author: Oxygen114514 时间: 2025-1-11 00:25
标题: CHARMM-GUI生成配体拓扑报错
我想用charmm-gui给我的蛋白配体复合物加膜，生成gmx的输入文件。在第二步我用antechamber生成charmm的top和prm文件会报错，上传用acpype生成的charmm文件一样会报错。请问有其他人也遇到charmm-gui这里antechamber不能用的情况吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 21:38
别绕弯路
配体的gromacs的拓扑文件用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生最省事

genmixmem建立纯膜结构非常方便，见
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

蛋白质插入膜用gromacs自己支持的membed方法最理想，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）专门讲了用法
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

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