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标题: 求助：两个化和物在离子液体中分布的作用能分析问题 [打印本页]

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Author: afew 时间: 2025-1-11 18:00
标题: 求助：两个化和物在离子液体中分布的作用能分析问题
本帖最后由 afew 于 2025-1-16 19:52 编辑

各位老师好，用gromacs模拟两个化合物在离子液体中分布，模拟盒子大小为5*5*10 nm3, 模拟时间500 ns, 体系中含130对离子液体分子和5720个水分子, 一个化合物A分子带3个负电荷和B分子带1个负电荷，50 ns后离子液体分层，化合物A个分布在水层，化合物B分布在离子液体层，重新设置 columb和vdw的计算方式均为cut-off，截断距离都是2.2nm, rerun轨迹后分析两个化合物分子和离子液体以及水的相互作用, 作用能结果是：
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该怎么分析这个结果呢？
1. 对于化合物A它和水的作用能相比离子液体更负，所以它分布在水层，而对于化合物B它分布在离子液体层，但它和水的结合能相比离子液体也是更负的，是不是对于化合物B应该得出它和离子液体的作用能更负才对？
2. 还是说因为化合物A，B和离子液体的作用能值比较接近，可以从比较化合物A，B和水的作用能角度上分析化合物A的值更负（和水分子间作用更强），所以它倾向分布在水中?
3. 同时做了氢键分析，结果比较类似，化合物 A-水 40个氢键，化合物B-水 20个氢键，化合物A-离子液体 1-2氢键，化合物B-离子液体 2-3个氢键，麻烦各位老师，该怎么分析这个结果？
4. 如果单个分子间的作用能的话，就会出现化合物A和B和离子液体分子的作用能都是比水分子的更负，也无法合理解释他们分布原因
5. 模拟的化合物A，B的分子数是否太少了，结果不具有代表性吗？

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