计算化学公社

标题: 求助聚合物+两个苯系物算弱相互作用的泛函选择问题 [打印本页]

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-11 20:57
标题: 求助聚合物+两个苯系物算弱相互作用的泛函选择问题
社长，您好。目前我的体系总共300多个原子，一个聚合物C60H120，两个苯系物，我想看它们三者的相互作用，因为存在弱相互作用，选择M062X泛函，基组选择6-311G+，不知道这样行不行，是不是太耗时，有什么可以修改的地方，谢谢解答。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 21:26
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “泛函选择” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 21:28
根本不存在6-311G+，别乱写基组名，认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

opt freq用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
溶剂模型改成IEFPCM

M06-2X结合SMD做opt freq算柔性体系完全是自讨苦吃，仔细看上文和下文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
M06-2X是我非常不建议用来做opt freq任务的泛函

较大体系绝对甭用Windows版Gaussian做DFT优化，慢得要死，下文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-11 21:56
本帖最后由 lyan66 于 2025-1-11 22:00 编辑

sobereva 发表于 2025-1-11 21:28
根本不存在6-311G+，别乱写基组名，认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298 ...

好的，谢谢社长，我下次注意。目前手上只有windows电脑，这个需要很久嘛，20核，20内存，2天时间够优化吗

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-11 22:12

sobereva 发表于 2025-1-11 21:28
根本不存在6-311G+，别乱写基组名，认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298 ...

社长，谢谢上面解答。我看您这个http://sobereva.com/83推荐弱相互作用是用M06-2x，是不是opt 和freq用您说的这个B3LYP-D3(BJ)/6-311G*，然后在计算单点能时用m06-2x，看相互作用。作为opt和freq能直接看相互作用嘛，如果可以的话是不是不需要在m06-2x了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 22:14

lyan66 发表于 2025-1-11 21:56
好的，谢谢社长，我下次注意。目前手上只有windows电脑，这个需要很久嘛，20核，20内存，2天时间够优化吗

用vmware装个linux虚拟机跑linux版Gaussian，倘若没发生震荡难收敛的麻烦事，用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*，2天内凑合。建议在此之前先用像样的半经验方法如Gaussian直接支持的PM6D3或者用xtb里的GFN-xTB做个结构的预优化，比起上来就用DFT优化能节约大量时间。

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-11 23:03

sobereva 发表于 2025-1-11 22:14
用vmware装个linux虚拟机跑linux版Gaussian，倘若没发生震荡难收敛的麻烦事，用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*，2天 ...

谢谢社长解答，我想看它们三者的相互作用，是先用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*进行opt freq。然后在用m062x在gaussian中job type中选择energy，进行能量计算吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-11 23:23
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-1-12 00:55 编辑

lyan66 发表于 2025-1-11 23:03
谢谢社长解答，我想看它们三者的相互作用，是先用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*进行opt freq。然后在用m062x在gau ...

GaussView的Gaussian Calculation Setup过于简单，DFT里面根本没有M06-2X这个泛函可选（乐）别用那个面板选什么job type创建任务了，现在推荐的做法是GaussView构建结构以后保存为.gjf文件，用文本编辑器自行更改关键词，再提交Gaussian计算。没有opt或者scan之类的关键词时任务类型默认就是单点能计算。

另外如果体系里的分子比较柔性容易变形，弱相互作用受分子形状的影响会很明显，需要考虑借助molclus先在低级别下做预优化及构型/构象搜索，筛选出少数代表性结构后再用DFT跑优化和单点能。

编辑：泛函选择也看看另一篇社长博文http://sobereva.com/272

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-12 10:16
本帖最后由 lyan66 于 2025-1-12 10:24 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-11 23:23
GaussView的Gaussian Calculation Setup过于简单，DFT里面根本没有M06-2X这个泛函可选（乐）别用那个面板 ...

谢谢您的解答，昨天用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*进行opt freq，出现下面问题，我看上面说的内存不够，我搜了一下也就6个G，我设置的是是20G，按理说应该够啊。%nprocshared=20 %mem=20GB %chk=F:\DFT\PLA-CIP-HA.chk # opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=water) geom=connectivity em=GD3BJ您知道是什么原因吗

作者
Author: wal 时间: 2025-1-12 10:52

lyan66 发表于 2025-1-12 10:16
谢谢您的解答，昨天用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*进行opt freq，出现下面问题，我看上面说的内存不够，我搜了一 ...

680MW=5440MB 需要54.4个G

作者
Author: lyan66 时间: 2025-1-13 13:30

wal 发表于 2025-1-12 10:52
680MW=5440MB 需要54.4个G

噢噢，谢谢。这个是运行内存的嘛，电脑一般都是16或者32对吧，这不够可以怎么调整嘛

作者
Author: wal 时间: 2025-1-13 13:47

lyan66 发表于 2025-1-13 13:30
噢噢，谢谢。这个是运行内存的嘛，电脑一般都是16或者32对吧，这不够可以怎么调整嘛

那没办法你得借服务器

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2025-1-13 14:03

wal 发表于 2025-1-12 10:52
680MW=5440MB 需要54.4个G

5440MB 是 5.4GB

作者
Author: wal 时间: 2025-1-13 14:21

mfdsrax2 发表于 2025-1-13 14:03
5440MB 是 5.4GB

口算算错了XD

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