计算化学公社

标题: 求助，对该体系进行几何优化，只给部分原子添加弥散是否可行？(用6-31+G*计算极慢) [打印本页]

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Author: HexSona 时间: 2025-1-12 00:08
标题: 求助，对该体系进行几何优化，只给部分原子添加弥散是否可行？(用6-31+G*计算极慢)
本帖最后由 HexSona 于 2025-1-12 10:56 编辑

正在计算一个有机反应的反应机理，需要对相应中间体、过渡态结构进行几何优化。如图所示，本想优化配位络合物Co结构（如下图所示），但是该体系还含有六氟磷酸根离子PF6- ，当考虑到PF6- 的存在时，配位络合物PF6_Co（如下图所示）体系呈电中性。因此我有如下问题，想请教各位老师——
1、是否因PF6- 的存在而必须添加弥散函数计算，可以选6-31G*算吗？（本人在导师的要求下，选用了6-31+G*基组计算，计算速度极慢，非常非常非常慢）

2、若必须加弥散函数，可否只给P原子与6个F原子使用弥散函数？P原子一定需要弥散吗？
3、若部分添加弥散函数，用6-31G*计算配位络合物Co；用6-31G*与6-31+G*计算配位络合物PF6_Co；用6-31+G*计算PF6- ，可以将三者的能量直接加减以对比其能量高低吗？

随后，需向该体系中加入硼氢化锌与TBAF（四丁基氟化铵），可能需要计算如下过渡态TS（如图所示），该过渡态体系带一个负电荷
4、此时是否必须使用6-31+G*基组？可以只给PF6- 与进攻TMSO基团的F离子（已标注为红色）使用弥散函数吗？
5、硼氢化锌中的2个B原子与8个-1价的H原子是否必须添加弥散函数？可以不给B原子添加弥散吗？

谢谢各位老师解答！感激不尽

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Author: sobereva 时间: 2025-1-12 08:22
把问题描述具体，算什么任务

对于算能量的问题，当原子带的负电荷较多（例如用Multiwfn计算ADCH原子电荷，如果一个原子的原子电荷比-0.5更负），而且此原子处于关键区域（如研究弱相互作用涉及的区域、反应牵扯的区域），则对于6-31G*来说应当带弥散。

“-1价的H原子”这种描述对于判断是否需要带弥散没有意义。看此文弄清楚氧化态和原子电荷的关系
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362（http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html）

如果不清楚什么叫原子电荷，看
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

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Author: HexSona 时间: 2025-1-12 10:47

sobereva 发表于 2025-1-12 08:22
把问题描述具体，算什么任务

对于算能量的问题，当原子带的负电荷较多（例如用Multiwfn计算ADCH原子电荷 ...

我的课题是计算一个有机反应的反应机理，需要对相应中间体、过渡态结构进行几何优化与单点能计算。目前尚不清楚对该体系进行几何优化时添加弥散函数的必要性 [捂脸]

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Author: 876449830 时间: 2025-1-12 12:18
你的Cu、Co、Zn不需要用赝势基组？仔细看看社长写的关于弥散的博文哇，老清楚了。

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Author: HexSona 时间: 2025-1-12 12:24

876449830 发表于 2025-1-12 12:18
你的Cu、Co、Zn不需要用赝势基组？仔细看看社长写的关于弥散的博文哇，老清楚了。

用了赝势，没写出来而已。我主要是想问PF6-、硼氢化锌中的负氢和硼、以及氟离子是否需要带弥散

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Author: 876449830 时间: 2025-1-12 12:32

HexSona 发表于 2025-1-12 12:24
用了赝势，没写出来而已。我主要是想问PF6-、硼氢化锌中的负氢和硼、以及氟离子是否需要带弥散

http://sobereva.com/119
强烈建议仔细学习这篇

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