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标题: 如何寻找蛋白质的共晶配体 [打印本页]

作者
Author: maanquan0429 时间: 2025-1-12 10:29
标题: 如何寻找蛋白质的共晶配体
初学gromacs，在做蛋白质-小分子对接过程中，发现参考文献中往往会说“将蛋白质与共晶配体作为阳性对照”，请教一下大家共晶配体的结构是从哪里获取的？
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图是文献中的，他做了ESR1蛋白和壬基酚、辛基酚两种小分子的分子动力学模拟，将“共晶配体（eutectic ligands）”作为对照（original），现在不知道这个共晶配体的结构是在哪里下载的。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-12 11:58
RCSB蛋白质数据库里很多蛋白质pdb文件里都带着小分子配体
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里还有页ppt专门介绍了蛋白质-配体复合物的数据库
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: farexue 时间: 2025-1-24 00:51
这个文章我也在看在模仿，文章中虽然没有直接给出共晶配体的名称，但是给出了图形，结合ESR1的PDB号，就能查出来

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