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标题: 使用CP2K做224个原子的烟酸超胞的频率计算时遇到的计算出来的吸收度过高的问题 [打印本页]

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Author: 轻舟~ 时间: 2025-1-12 16:27
标题: 使用CP2K做224个原子的烟酸超胞的频率计算时遇到的计算出来的吸收度过高的问题
在文章Terahertz spectroscopy and solid-state density functional theory calculations of structural isomers: Nicotinic acid, isonicotinic acid and 2-picolinic acid，Vol. 31, No. 13 (2017) 1750149 (12 pages)中提到可以用CASTEP做理论计算，将得到的理论计算频率与实验测得频率与之相对照，进而进行下一步的理论分析，我打算使用CP2K发现作者的理论计算，所以对烟酸的晶胞模型进行了结构优化和频率计算，在进行结构优化时，我采用了PBE泛函和6-311G**基组加上D3-BJ色散进行矫正，花费一天对原胞和超胞进行了结构优化，并最终得到优化好的超胞结构（这个结构并没有算K点，原胞也为了省事没有算K点）；采用结构优化好的超胞的.restart文件进行频率计算，泛函和基组以及色散的选择均和结构优化一致，得到计算结果，最后用MfakeG转换结果中的.mol文件可以得到可供Gaussview观看振动动画的文件，用Gaussview打开后我想看一下里面的Results-vibrations,打开后发现它的吸收度好像算的太高了，与理论计算的吸收度对照不上，下面就是理论计算烟酸在0-4THz的吸收谱图，以及参考论文里给出的吸收谱图，其中红色就代表烟酸，可见参考论文里吸收度才个位数（.a.u），而理论计算出来的吸收度竟然有500000，我认为频率计算应该没有什么大问题，但不知道改怎么处理这个吸收度，附件里有我的理论计算输入输出文件[attach]105648[/attach]

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Author: 轻舟~ 时间: 2025-1-12 16:32
另外我使用Gaussian 16W做布洛芬团簇的结构优化和频率计算，也遇到和实验的吸收度太不匹配的问题，下面这个图大家可以看一下，其中蓝色的是理论计算的谱线，红色的是实验测量得到的谱线

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Author: 轻舟~ 时间: 2025-1-12 16:34

轻舟~ 发表于 2025-1-12 16:32
另外我使用Gaussian 16W做布洛芬团簇的结构优化和频率计算，也遇到和实验的吸收度太不匹配的问题，下面这个 ...

我知道用Gaussian计算团簇模型不可取，所以最近才使用CP2K去做晶胞模型的计算，但无论是团簇模型还是晶胞模型，我都遇到了这个吸收度过高的问题，我不知道该怎么解决

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Author: sobereva 时间: 2025-1-13 01:05
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

关注绝对高度没意义，只需要关注形状。本身单位就不同，而且超胞越大同一个振动模式的红外强度也会越大，存在任意性

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Author: 轻舟~ 时间: 2025-1-13 10:51

sobereva 发表于 2025-1-13 01:05
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

好的好的，谢谢老师，我下次一定注意

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