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标题: 请教各位老师，我想模拟不同温度下的体系，是在eq阶段就要改变温度吗？ [打印本页]

作者
Author: xxx127 时间: 2025-1-12 21:44
标题: 请教各位老师，我想模拟不同温度下的体系，是在eq阶段就要改变温度吗？
比如我想模拟400K工况下的体系，是在平衡时就要使用400K，还是eq是为常温，跑md时改变温度？
另，若在eq时就需要达到400K，那么eq.mdp中gen_temp也设置为400K吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-13 00:58
md指代不明。本来预平衡阶段（eq）本身做的就是分子动力学（MD）任务
不要用不明不白、不严格和确切的写法

如果md指的是产生相（叫做prod，这才是和eq并列的），显然产生相在什么温度下模拟，预平衡阶段后期就必须能平衡到什么温度，否则产生相的前期处于非平衡状态，根本不算是产生相。

gen_temp完全是无所谓的事，这只影响初速度的产生。eq只需要在意最终的参考温度

作者
Author: xxx127 时间: 2025-1-13 10:50

sobereva 发表于 2025-1-13 00:58
md指代不明。本来预平衡阶段（eq）本身做的就是分子动力学（MD）任务
不要用不明不白、不严格和确切的写法 ...

老师好那您的意思是说如果分子动力学模拟阶段是常温常压下，即能量最小化后的条件，是不是eq也属于分子动力学模拟的一部分，与md功能重合？那这时候eq还有意义吗？
我感觉一般即使分子动力学模拟是在常温常压下，也会进行eq啊

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-14 00:40

xxx127 发表于 2025-1-13 10:50
老师好那您的意思是说如果分子动力学模拟阶段是常温常压下，即能量最小化后的条件，是不是eq也属于分子 ...

把下文第20部分仔细看了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

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