计算化学公社

标题: 求助使用MOKIT计算单点能 [打印本页]

作者
Author: Vicky_Sugar 时间: 2025-1-13 16:56
标题: 求助使用MOKIT计算单点能
各位老师，我这几天才刚接触MOKIT。我想用MOKIT的automr模块自动做多参考计算，具体来说是用#p CASSCF/def2TZVPP freq scrf=(smd,solvent=water)这组参数进行计算。我这里用臭氧分子做了一个测试。下图1是输入文件gjf的内容：
然后用automr ForO3.gjf >O3.out 2>&1命令在MOKIT中提交了任务，得到了如下图2所示的一系列输出文件：
我在out文件中找到““E(RHF) = -224.36413780 a.u., <S**2>= 0.000 E(UHF) = -224.43452868 a.u., <S**2>= 0.894 UHF energy is lower, choose UHF wave function.”，因此我认为这个E(UHF)就是在当前参数下该体系的基态能量。而且在ForO3_uhf.fch文件中我也只找到了和E(UHF)数值一模一样的“Total Energy“。除此之外，我没有搜索到任何带”energy“的词条。
而我真正想得到的是经过热力学校正和考虑了零点能的EE + Thermal Free Energy Correction（这里参考了DFT单点能计算时out文件里Thermo模块中的输出内容）。
此外，我还用用#p CASSCF/def2TZVPP scrf=(smd,solvent=water)这组不带freq的参数进行了单点能计算，发现输出的”E(UHF)“和“Total Energy“的数值与上述带freq参数的一模一样。
所以我想请教各位老师，请问如何在MOKIT单点能计算中得到这个EE + Thermal Free Energy Correction能量？是我的参数或者命令有问题还是我没有找到正确的输出文件？抑或是freq得到的振动信息和热力学能量校正需要在此基础上做进一步处理才能够得到？麻烦各位老师解惑！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-13 17:19
（1）MOKIT目前只有自动的CASSCF气相单点计算，写freq和scrf都不起作用。如果你是想做“B3LYP opt freq获得热力学校正量，M062X算单点获得更准确的电子能量，二者相加”这种事情，当前你写的关键词是错的（无论程序是否支持）。前述引号内容在这里对应的是“B3LYP opt freq获得热力学校正量，CASSCF算单点获得更准确的电子能量，二者相加”，显然你不能在CASSCF这里写freq，结构和频率都用DFT算好了，CASSCF只是算电子能量。

（2）CASSCF波函数虽然可以定性正确描述很复杂的体系，但由于CASSCF缺乏动态相关，其能量精度不高，因此将CASSCF电子能量加到合适泛函下的热力学校正量这种做法是没有意义的，你需要用多参考方法MC-PDFT/CASPT2/NEVPT2/MRCISD算单点获得更准确的电子能量，然后加上合适泛函下的热力学校正量。如果想算，将gjf文件里的CASSCF换成相应的多参考方法即可。不过同样要强调MOKIT目前只支持气相。

（3）从你的截图中我没看出这个任务是否正常结束。要在automr输出文件里看到E(CASSCF)，才表示CASSCF单点算完了。E(UHF)显然是UHF能量，不是CASSCF能量。如果没算完，应当找到报错并解决之。

（4）除非你要研究的对象包含O, O2, O3这三个高对称性小分子体系，否则不建议用这三个体系练手，它们的多参考计算难度较大。

作者
Author: wxsxjj 时间: 2025-1-13 19:52
我建议使用一个软件之前，应该先看手册和例子。

作者
Author: Vicky_Sugar 时间: 2025-1-13 20:00
本帖最后由 Vicky_Sugar 于 2025-1-13 20:34 编辑

zjxitcc 发表于 2025-1-13 17:19
（1）MOKIT目前只有自动的CASSCF气相单点计算，写freq和scrf都不起作用。如果你是想做“B3LYP opt freq获得 ...

感谢邹老师的回复！我想直接通过CASSCF计算由DFT优化的结构的单点能（直接由多参考方法进行热力学校正后的单点能）。但是看了老师的回复似乎不能用MOKIT直接得到校正后的单点能。我还有一些疑问想请教老师，可以麻烦您指点一下吗？
（1）对您提到的第一点的理解正确吗？MOKIT的aotomr的自动计算功能只能用于CASSCF的气相下的基态单点能。在MOKIT中进行多参考方法的单点能计算都不能用freq和scrf吗？如果我不是用MOKIT，而是使用Gaussian，可以实现用多参考方法+freq+scrf直接计算得到经过热力学校正的水溶液模型下的体系的单点能吗？
（2）对您提到的第二点的理解正确吗？我是不是可以先用DFT# opt freq m062x/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) int=ultrafine参数得到优化后的结构，或者用#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq m062x/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) int=ultrafine参数得到过渡态的结构，并得到这些结构在m062x/6-311+g(d,p)下的热力学校正量。然后再在MOKIT中用您说的精度更高的多参考方法MC-PDFT/CASPT2/NEVPT2/MRCISD自动计算这些结构在气相中的基态单点能？最后将这个基态单点能和上述的热力学校正量相加就可以作为双参考计算方法下的经过热力学校正的单点能了？
（3）抱歉老师，我仔细去检查了才发现整个任务还没有完成，out文件中出现了”Enter subroutine do_gvb...
nbf=93, nif=93, doubly_occ=3, npair=9, nopen=0, nvir=72
LocDocc=F, Lin_dep=F

ERROR in subroutine check_gms_path: rungms does not exist.
gms_path=NOT FOUND“的报错，我安装一下gamess再跑一下看看。
（4）我的研究对象包括了臭氧分子，所以逃不开要用多参考方法计算单点能去精确能量计算。但是我不明白这些体系的计算难度大是什么意思？是指计算量会成倍增加吗？还是指单点能计算更容易报错？
十分感谢老师！

作者
Author: Vicky_Sugar 时间: 2025-1-13 20:05

wxsxjj 发表于 2025-1-13 19:52
我建议使用一个软件之前，应该先看手册和例子。

我是照着MOKIT Documentation的5.1 Examples of automr做的https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-1.html

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-1-13 22:31

Vicky_Sugar 发表于 2025-1-13 20:05
我是照着MOKIT Documentation的5.1 Examples of automr做的https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/ ...

只有手册中提到的关键词才可以使用，没提到的当然不能用。不能因为输入文件长得像高斯就用高斯的关键词。

作者
Author: Vicky_Sugar 时间: 2025-1-13 22:54

hebrewsnabla 发表于 2025-1-13 22:31
只有手册中提到的关键词才可以使用，没提到的当然不能用。不能因为输入文件长得像高斯就用高斯的关键词。

好的，谢谢老师

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