计算化学公社

标题: 结构优化和过渡态先后问题 [打印本页]

作者
Author: jyl2 时间: 2025-1-13 20:27
标题: 结构优化和过渡态先后问题
在使用Gaussian计算反应过程中，先进行反应物结构优化，在进行TS，这两者先后顺序必须固定吗？可否先进行TS，在进行反应物结构优化。
谢谢！

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-13 20:37
本帖最后由 2877321934 于 2025-1-13 20:39 编辑

请问你说的是什么意思？我有点不太理解，找寻过渡态不就是在opt里使用关键词ts？最常见的组合比如opt=(calcfc,ts,noeigen)，这有什么个先后法？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-13 20:42
可以，因为当你优化反应物的时候，程序不知道你是否已经做了过渡态优化，所以不管先优化反应物还是先优化过渡态，优化出来的反应物都是一样的。类似地，不管先优化哪个，优化出来的过渡态也是一样的

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-13 21:58
反正对计算反应能垒、能量变化等目的，反应物、过渡态、产物终究都会涉及优化、单点等计算，所以或许应该换个问法：先优化反应物的习惯对寻找过渡态有什么好处。

可以想象一个水平极高的行家，不仅清楚知道一个反应确实有过渡态，还能很精准地调节键长、键角、二面角等特征，分别独立构建反应物、过渡态、产物的高质量初始结构，使得所有优化任务都在相应计算级别下快速收敛，获得合理的极小点或鞍点；明显这样的行家对几种优化任务的顺序根本不会在意。可惜现实中一是化学体系纷繁复杂、二是计算者的知识毕竟有限，这种理想情况只能存在于梦里。

回忆下一般的化学结构常识，是对极小点的描述更多还是对鞍点的描述更多？当然是前者。给反应物或者产物建模使其接近真实极小点结构，至少还是相对可行且容易的；而对过渡态，连确认存不存在都是问题，要定性准确地建模更堪称挑战。微调键长键角也好，沿反应坐标柔性扫描找能量最大点也好，都可看成从已知（极小点）外推未知（鞍点）获得好的初猜的过程，这样也就明白为什么会有习惯的顺序了。

（另外你还没回答完http://bbs.keinsci.com/thread-51125-1-1.html的问题，大家仍然不知道研究目标的反应机理，这就是为什么这两帖目前的讨论更多是泛泛而谈而非有针对性的帮助。参考社长博文http://sobereva.com/620的建议。）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-14 04:24
谁容易被优化出来就先优化谁
我在北京科音的量子化学培训里讲课时总是把复杂反应所有驻点找出来的过程形容成拼拼图，哪些地方好拼就先拼哪些地方，等有了已知的驻点结构作为参照，剩下的驻点结构自然也就相对容易得到了。比如有了过渡态就可以跑IRC，优化两端就得到了相邻的极小点。而有了一个极小点作为参照，可以对它进行修改，比“空想”更容易地摆出相邻的过渡态。而如果有了两个极小点结构，若是相邻的话可以跑QST2或CI-NEB直接找过渡态，而哪怕是不相邻的，也可以以二者为端点跑NEB，粗略确定中间的过渡态、中间体可能的大体结构。

作者
Author: jyl2 时间: 2025-2-19 15:08

sobereva 发表于 2025-1-14 04:24
谁容易被优化出来就先优化谁
我在北京科音的量子化学培训里讲课时总是把复杂反应所有驻点找出来的过程形容 ...

我明白了谢谢社长

作者
Author: jyl2 时间: 2025-2-19 15:09

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-13 21:58
反正对计算反应能垒、能量变化等目的，反应物、过渡态、产物终究都会涉及优化、单点等计算，所以或许应该换 ...

谢谢了明白了终于验证了好久确实和你们说的医院

作者
Author: jyl2 时间: 2025-2-19 15:09

wzkchem5 发表于 2025-1-13 20:42
可以，因为当你优化反应物的时候，程序不知道你是否已经做了过渡态优化，所以不管先优化反应物还是先优化过 ...

谢谢指点

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