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标题: 进行pull处理时提示distance与box size不合理报错 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-1-17 17:37
标题: 进行pull处理时提示distance与box size不合理报错
进行拉伸过程中，提示如下错误：
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然后尝试将盒子z方向扩大到20nm，在进行pull，错误一样：
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查看前面的warning发现：
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但是group1 2 相隔距离可视化所示并没有那么远（盒子尺寸5 5 20）：
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mdp设置如下：
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请问：
1、pull时计算两个分子距离是怎么计算的，提示的6.525nm怎么获得的？质心距离吗？（我的大分子大概最长边2.8nm）
2、出现上述错误可能是哪些原因？该怎么处理？

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-1-18 08:48
本帖最后由 FrancisCho 于 2025-1-18 08:59 编辑

1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distance是0.06nm，和用gmx distance给出的值很接近）
2、一般GMX中SMD的拖动长度不应超过该方向上盒子尺寸的一半，如要超过，则应使用pull_coord1_geometry = direction-periodic、pull_coord1_vec = 0.0 0.0 -1.0以及pull-pbc-ref-prev-step-com = yes，在这种情况下不能进行NPT，但不会报错（我做US就是这样设置的）

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-1-20 18:30

FrancisCho 发表于 2025-1-18 08:48
1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distanc ...

谢谢指导，确实是质心的距离，我再检查一下

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