计算化学公社

标题: USPEX使用问题 [打印本页]

作者
Author: 氢原子 时间: 2017-2-23 10:44
标题: USPEX使用问题
我刚学习USPEX软件，在Linux下运行之后，OUTPUT文件总是出现附件中的提示信息，然后就停止运算了，软件输入文件是给定的例子，没有什么问题。网上有人说没有调试好，像这种情况如何调试呢？

作者
Author: get-it 时间: 2017-2-23 12:58
USPEX的计算目录是CalcFold*，可以进去看看输入文件是否写对

作者
Author: 氢原子 时间: 2017-2-27 10:55

get-it 发表于 2017-2-23 12:58
USPEX的计算目录是CalcFold*，可以进去看看输入文件是否写对

输入文件应该没有问题，我是跑的例子EX09，只改了调用VASP的方式和集群，然后就一直在产生第一代结构时出错，进行不下去。现在不知道原因在哪儿了

作者
Author: get-it 时间: 2017-2-27 14:53

氢原子发表于 2017-2-27 10:55
输入文件应该没有问题，我是跑的例子EX09，只改了调用VASP的方式和集群，然后就一直在产生第一代结构时出 ...

你是不是用了并行模式，whichCluster设的是多少？

作者
Author: 氢原子 时间: 2017-2-27 21:42

get-it 发表于 2017-2-27 14:53
你是不是用了并行模式，whichCluster设的是多少？

是的，我用脚本多核提交到超算上的，whichCluster设的1，INPUT设置和脚本如下

作者
Author: get-it 时间: 2017-2-27 21:54

氢原子发表于 2017-2-27 21:42
是的，我用脚本多核提交到超算上的，whichCluster设的1，INPUT设置和脚本如下

USPEX的并行太简陋了，你先试下串行，成功之后在改脚本并行计算

作者
Author: 氢原子 时间: 2017-2-28 08:42

get-it 发表于 2017-2-27 21:54
USPEX的并行太简陋了，你先试下串行，成功之后在改脚本并行计算

因为我想预测有机分子的空间群，原子比较多，所以想用并行算的快点。听您这么说的话，那我先串行跑通试试。如果串行的话，像例子EX09这样与VASP连用的，commandExecutable这儿怎么写呢？

作者
Author: get-it 时间: 2017-2-28 10:15

氢原子发表于 2017-2-28 08:42
因为我想预测有机分子的空间群，原子比较多，所以想用并行算的快点。听您这么说的话，那我先串行跑通试试 ...

把运行vasp的命令写上就行

作者
Author: 氢原子 时间: 2017-2-28 14:56

get-it 发表于 2017-2-28 10:15
把运行vasp的命令写上就行

好的，谢谢您，我先试试

作者
Author: qianwangscu 时间: 2023-11-10 19:21
请问楼主解决了吗？我也是运行EX09，在第一代就报错了。用的1个节点，不存在并行的问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)