计算化学公社

标题: gaussian计算在formchk的过程中报错，是否有处理方法？ [打印本页]

作者
Author: yaonaite 时间: 2025-1-21 09:56
标题: gaussian计算在formchk的过程中报错，是否有处理方法？

各位老师好，我在formchk的过程中遇到了内存不足的问题，第一次需要4817MW，参考了sob老师在巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元中提到的方法，还是能拿出来的，但之后又要7680MW，超过了我的内存总量。计算本身是正常结束的，分配了32核，60GB。
为什么会出现这么大的内存需求？有办法改善吗？

计算任务：
td=nstates=100 b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj，中途使用td=(restart,nstates=100) b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj断点续算了一次
最后的报错文本：
Read checkpoint file uv.chk type G16
Write formatted file uv.fchk
FChkPn:  Coordinates translated and rotated.
FChkPn:  Coordinates match /B/ after translation and rotation.
Out-of-memory error in routine WrCIDn-3 (IEnd= 6925313801 MxCore= 6710885188)
Use %mem=7680MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Mon Jan 20 16:19:50 2025.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00000000058d99f8, rcx 000014bb1d76067b
rdx 0000000000000000, rsp 00007ffe9e3e7438, rbp 00007ffe9e3e7490
rsi 000000000000000b, rdi 000000000002adc1, r8  0000000c80001000
r9  000014bb1e63dd80, r10 0000000000000009, r11 0000000000000202
r12 00007ffe9e3e75c8, r13 00000000058d9ed8, r14 0000000000000004
r15 00007ffe9e3e8b18
  /lib64/libpthread.so.0(+0x12c20) [0x14bb1de82c20]
  /lib64/libc.so.6(kill+0xb) [0x14bb1d76067b]
  /home/a/g16/formchk() [0x461f15]
  /home/a/g16/formchk() [0x430200]
  /home/a/g16/formchk() [0x45554e]
  /home/a/g16/formchk() [0x457364]
  /home/a/g16/formchk() [0x416c61]
  /home/a/g16/formchk() [0x410d90]
  /home/a/g16/formchk() [0x40ffe4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x14bb1d74c493]
  /home/a/g16/formchk() [0x40a729]
已放弃 (核心已转储)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-1-21 13:21
可能是因为你算了100个态，G16试图把100个态的组态系数存进fch文件。你的机器是真的只有60GB内存可用吗？如果有更多可用的话，试试export GAUSS_MEMDEF=62GB，然后再去使用formchk

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