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标题: GROMACS做含非标残基的多肽模拟在生成拓扑文件时报错该怎么解决？ [打印本页]

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Author: jxt 时间: 2025-1-22 10:17
标题: GROMACS做含非标残基的多肽模拟在生成拓扑文件时报错该怎么解决？
本帖最后由 jxt 于 2025-1-22 10:17 编辑

大家好，我最近用GROMACS对含有非标准残基(具体为多肽N端的VAL的-NH2被乙酰化)的蛋白体系用 pdb2gmx命令生成拓扑文件时频繁报错，说非标残基上有一个C原子没有在我的pdb文件中，我对照rtp文件修改pdb中的非标残基原子名称，但仍然反复报错，实在不知道该怎么弄了，特来请教大神和卢老师。报错信息如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

就很纳闷，明明我在pdb里定义的非标残基acV是第一个残基，但这里却说是2号残基，然后就是说我的rtp文件与pdb输入文件中有个C原子不对应。最后生成的topol.top文件大小是0，相当于第一步就没通过，特附上rtp文件、pdb文件供大神查阅（因为报错不涉及加H，就没有附hdb文件了）。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-1-22 12:13
公社里有其他人做非标准氨基酸模拟的帖子可以参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29955

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-22 13:42
AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就用乙酰基[ACE]的定义，把pdb里的残基名改成对应的就完了，没必要自己弄个非标准残基出来

作者
Author: jxt 时间: 2025-1-22 14:04
感谢卢老师！我再试试

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